室町幕府末期，随着葡萄牙人和西班牙人先后到达日本，天主教在日本迅速传播。到十六世纪八十年代，东到美浓，西至萨摩，教堂之数达二百余座，教徒约十五万人。十七世纪初，德川家康开创江户幕府。面对日益强大的天主教势力，家康感到了威胁，下令“禁教”。此时九州岛上的岛原藩由松仓重政任藩主，松仓重政对于天主教徒实行残酷而血腥的镇压。1630年松仓重政死后，其子松仓胜家继任藩主，更为残暴。在岛原藩的近邻，天草岛所属的唐津藩，天主教徒同样受到非人的待遇。
自宽永十一年(1634年)起，岛原、天草地区连续发生天灾，民不聊生。在幕府残暴的统治下，终于爆发了江户时代最大的一次农民起义“岛原之乱”。在天草四郎的领导下，起义军迅速占领岛原半岛南部的原城，于城上竖立起十字架，挂上画有十字架和圣像的旗帜。据统计，参加起义的岛原、天草农民共三万七千余人，其中有战斗力的为一万三千余人。
12月9日、12日，幕府先后接到岛原、天草农民起义的消息，急派板仓重昌为幕府专使，赴九州镇压起义军。板仓到达九州后，对起义军发动两次进攻，均告失败。因此，幕府再派松平信纲前往九州督战。获此消息后，板仓感到幕府对自己不信任。宽永十五年(1638年)元旦，在松平信纲到达九州之前，板仓对原城起义军发动了突击进攻。在原城义军的奋力抗战下，板仓军队大败，损失三千九百余人，板仓重昌战死。松平信纲到达九州后，以板仓的失败为教训，改变战术，围而不攻，企图等待城中粮尽，义军自动瓦解。与此同时，幕府居然乞求荷兰人炮击原城，仍不凑效，而这种乞求外援背叛民族的行为遭受义军的唾骂与不齿。幕府想尽办法，天主教的旗帜仍然飘扬在原城城头。
然而，由于围城，粮食缺乏，义军战斗力下降。宽永十五年(1638年)2月28日，幕府军发动十余万军队对义军发起总攻击，因饥饿力衰，义军大败，原城陷落。天草四郎及其属下全部义军壮烈战死。岛原、天草农民起义宣告失败。
一般人认为，江户幕府奉行“锁国”政策，导致日本近代落后不振，一度遭到西方列强的侵略，然而实际上，日本的情况和中国明清两代并不相同，并且幕府的“锁国”是有一个启动过程的，并非始自德川家康。江户幕府的所谓“锁国”，其实锁的是南蛮贸易。丰臣秀吉在世的时代，就曾经下令严禁天主教传教，勒令凡日本国人都不得信奉这种异国邪教，等到秀吉去世，德川家康为了加强对外贸易，一开始并没有重申禁令，不仅如此，他还优待新近航来日本的英国和荷兰商人。家康曾经任命英国航海长威廉·亚当斯作为自己的通商顾问，赐予三浦半岛二百五十石的俸禄，亚当斯因此跻身幕府旗本之列，并且取了一个日本名字叫做三浦按针，按针在日语中有领港、领航之意。
在德川家康类似举措的鼓励下，各地诸侯也纷纷大力发展南蛮贸易，伊达政宗就曾派家臣支仓常长前往欧洲，谒见罗马教皇和西班牙国王，要求通商。据说常长本人因此直接得到教皇的洗礼，被授予罗马公民权。