但是新教国家英、荷与先期航来的旧天主教国家西、葡之间矛盾重重，前者因此在家康面前大进谗言，说天主教传教士乃是妄图将日本变成殖民地的西、葡国王派来的间谍。家康本就不满天主教宣扬上帝万能从而淡化世俗领主的权威，进而看到很多九州诸侯通过与西、葡等国通商获得了大批物资和武器，认为如果不加限制地任其发展，将会动摇幕府的统治基础，恰巧就在此时，发生了著名的“冈本大八事件”，促使家康颁发了禁令。
且说庆长十五年(1610年)，肥前日野江大名有马晴信和葡萄牙商船耶稣号发生冲突，最终将耶稣号击沉，晴信以此向幕府表功，并且进献给老中本多正纯的家臣冈本大八大笔财物，希望大八能够帮忙进言，恢复有马氏的旧日领地。然而冈本大八接受贿赂却不肯办事，有马晴信越等越急，愚蠢地直接越过大八去催促本多正纯——贿赂事件就这样暴露了。幕府将冈本大八打入大牢，严刑拷问，大八反咬一口，供出有马晴信勾结传教士和西、葡商人的诸多不法事。于是幕府将冈本大八以火刑处死，将有马晴信先是流放到甲州都留郡，进而勒令其切腹自杀——身为天主教徒的晴信不肯自尽，命令家臣将自己刺死了。
以“冈本大八事件”为导火索，德川家康对天主教的反感变得更加强烈，不久后就下达了第一次“禁教令”，在幕府直辖领地和有马氏的旧领中严禁传播和信奉天主教。庆长十七年(1612年)八月，禁教范围扩大到日本全国，各地教堂陆续被破坏，日本籍天主教徒纷纷遭到逮捕，被强迫改变信仰。不肯改变信仰的教徒遭到游街、流放和处死的命运——其中一百四十八名被流放马尼拉，包括著名的切支丹大名高山右近、内藤如安等人。
到了元和二年(1616年)八月，二代将军秀忠颁布了第二次“禁教令”，对天主教徒进行残酷迫害，很多人因为不肯改变信仰而被活活烧死，史称“大殉教”。元和六年(1620年)，又发生了“平山常陈”事件，标志着日本正式开始“锁国”体制。
平山常陈本是一艘朱印船的船长，因为坐船为中国式平底船，在从马尼拉回归日本途中，被荷兰船误认为是中国船而遭到逮捕。在搜查平山船的时候，荷兰人意外地发现了两名西班牙传教士，于是如获至宝地进献给德川幕府。幕府经过审讯后，将平山常陈和两名传教士全都处以火刑，其余十二名船员也尽皆处死。
从此宗教迫害扩大为贸易限制，葡萄牙人首先遭到驱逐，然后是英国人，最后在宽永元年(1624年)严禁西班牙船只来航。日本船只除朱印状外，还必须得到“老中奉书”才许出海，居住在外国的日本人也一律严禁归国，归即处死。
日本就此基本断绝了南蛮贸易，唯一例外的是荷兰人，荷兰东印度公司在日本设置了分公司，向幕府保证绝不传播基督教，同时荷兰商船一到日本，商馆馆长立刻向幕府提交《荷兰风说书》，报告海外情况。但即便是荷兰人也只准在长崎的出岛建造商馆，而不得踏入日本内地一步，就连中国船也只准停泊在长崎港，可以说，整个日本只有长崎一地是半对外开放的，幕府通过直接统治长崎而垄断了所有对外贸易。
有压迫，必然就有反抗，惊世骇俗的“岛原、天草之乱”就在这种禁教锁国的背景下爆发了。