《墨子》一书思想非常丰富，其中政治思想、伦理思想、哲学思想、逻辑思想和军事思想都比较突出，尤其是它的逻辑思想，是先秦逻辑思想史的奠基作。
《墨子》的政治思想，主要反映在《尚贤》、《尚同》、《非攻》、《节用》、《节葬》、《非乐》诸篇中。墨家主张任人唯贤的用人原则，反对任人唯亲，它说，做官的不能永远都是高贵的，老百姓也不能永远都是下贱的。它主张从天子到下面的各级官吏，都要选择天下的贤人来充当。墨子反对统治者发动的侵略战争，声援被侵略的国家，并为此而奔走呼嚎，勇敢地主持正义。墨子对统治者过的骄奢淫逸的糜烂生活极为反感，主张对统治者要进行限制。对死人的葬礼，墨子主张节俭，反对铺张浪费。这些客观上反映了广大劳动人民的愿望和要求。
《墨子》的伦理思想，主要反映在《兼爱》、《亲士》、《修身》等篇中。墨子主张"兼相爱，交相利"，人们不分贵贱，都要互爱互利，这样社会上就不会出现以强凌弱、以贵欺贱、以智诈愚的现象。国君要爱护有功的贤臣，慈父要爱护孝顺的儿子。人们处在贫困的时候不要怨恨，处在富有的时候要讲究仁义。对活着的人要仁爱，对死去的人要哀痛，这样社会就会走向大同。墨子的伦理思想虽然抹杀了阶级性，带有空想的色彩，但它却是广大劳动人民要求平等、反抗压迫、呼唤自由的心声。
《墨子》的哲学思想，主要反映在《非命》、《贵义》、《尚同》、《天志》、《明鬼》、《墨经》诸篇中。墨家哲学思想的最大贡献是认识论。墨子主张把知识分为"闻知"、"说知"、"亲知"三类，"闻知"是传授的知识，"说知"是推理的知识，"亲知"是实践经验的知识。这就否定了唯心主义的先验论。
为此，墨子在认识论方面提出了著名的"三表法"，他说：
"有本之者，有原之者，有用之者。于何本之?上本之于古者圣王之事。于何原之?下原察百姓耳目之实。于何用之?废以为刑政，观其中国家百姓人民之利。此所谓言有三表也。"
(《墨子·非命上》)墨子还反对儒家鼓吹的"天命论"，他不相信"天命"的存在，他提倡"尚力"。在"名"、"实"关系上，墨家认为"名"必须服从"实"，没有"实"作基础，"名"就是虚假的。这些思想都具有唯物主义的性质。但是，墨子又相信"天志"，他认为天有意志，天能赏善罚恶，爱人憎人。他还论证了鬼神的客观存在，这就不免陷入了唯心主义的泥坑。这说明墨家的唯物论思想还有缺陷，还不彻底。
《墨子》的逻辑思想，主要反映在《经》上下、《经说》上下、《大取》、《小取》6篇中，这主要是后期墨家的思想。在《墨经》中，后期墨家提出了"辩"、"类"、"故"等一套完备的逻辑概念。在《小取》篇中论述了辩论的作用，即辩论是要分析是非的区别，审查治乱的规律，弄清同异的所在，考察名实的道理，判别利害，解决疑似。还阐述了辩论的几种方式，对推理的研究也甚为精细。后期墨学建立了相当严谨完整的逻辑理论，在中国逻辑思想发展史上起了开创作用，具有较高的学术地位。直到今天，它仍是人们学习中国逻辑思想史的重要材料，给人以智慧的启迪。
《墨子》的军事思想，主要反映在《备城门》、《备高临》、《备梯》、《备水》等篇中。由于墨家学派主张"兼爱"、"非攻"，反对侵略战争，所以它的军事理论主要是积极的防御战术，这虽然不及兵家的军事思想全面深刻，但它却反映了广大劳动人民厌恶战争、渴望和平的心理愿望。
《墨子》一书所蕴含的思想极其丰富，在中国思想发展史上具有重要的学术地位。《墨子》思想代表了广大劳动人民的利益和要求，是劳动人民智慧的结晶。正因为如此，它不被统治阶级所赏识，到了秦汉，墨学已没有多大影响，墨子的事迹已知之甚少，连史学家司马迁为墨子作传，也廖廖数语。