《庄子》一书反映了庄子的哲学、艺术、美学、异端思想与人生观、政治观等等。郭象分内篇、外篇、杂篇三大部分，原有五十二篇，现存三十三篇，大小寓言二百多个。其中，内篇为庄子思想的核心，有七篇;外篇十五;杂篇十一。该书包罗万象，对宇宙、人与自然的关系、生命的价值等都有详尽的论述。其思想内容主要有以下几个方面：
全生保身，逍遥无为。全生保身是道家学说的中心问题，庄子对此作了系统的论述。他认为，人既不能表现得有用，又不能表现得完全无用，要“处乎材与不材之间”。更重要的是，要追求精神自由——逍遥无为。逍遥无为，是全生保身的最好形式或最高境界。
与道为一。道是道家学说，也是庄子哲学中最重要、最基本的概念，庄子认为：道是世界的本原，是大地万物的本根，道没有具体的规定性，亦无差别对立。要实现精神上的绝对自由即“得道”，有两条基本途径：一是相对主义的认识的方法，即“齐物”的方法;一是直觉主义的体验的方法，即“体道”的方法。“齐物”就是发现并取消事物或概念之间的差别和对立，这种方法使人在精神上从贵贱、寿夭、生死的束缚中解脱出来，进入无差别对待的自由世界。“体道”就是按照一定的修炼程序，不用语言和概念，以达到与道为一的直觉体验。把人生不可避的磨难变成磨砺意志的时遇，积极无为，自强自爱，烦恼和痛苦也只是水中月、镜上痕，体悟大道路上的过程罢了。这种方法可以摆脱哀乐情绪的干扰，舍弃日常世界，以求得精神的解脱与超越。
无为而治。庄子明确否定现实的社会政治制度以及虚假文化生活，他向往远古的至德之世，在政治上主张不干涉主义和提高个人素质修养，实行无为而治。庄子反对当时社会上实行的仁义礼乐等社会道德与政治制度，认为这些都是罪恶与祸害的根源。他用“彼窃钩者诛，窃国者为诸侯”来说明“仁义”已经成了统治者窃取国家权力的手段。庄子认为，随着社会政治制度和文化的发展，人类社会的不平等及争斗也会随之产生和激化，社会政治制度和文化的发展也并不意味着人类社会是按照必然上升的进程前进。他认为自然的本性是最完善的，如果人为地加以改变，便会损害事物的本性，造成不幸和痛苦。统治者应任随社会的自然发展的良性要求，不要加以人为的治理;无为而治的政治主张可以说是最早的一种无政府主义思想。
庄子的散文哲学思想博大精深，是我国古代典籍中的瑰宝。因此，庄子不但是我国哲学史上一位著名的思想家，也是文学史上一位不朽的散文家。无论在哲学思想方面，还是文学语言方面，他都给了我国历代的思想家和文学家以深刻的、巨大的影响，在我国思想史、文学史上都占有极其重要的地位。
日本诺贝尔奖得主汤川秀树、美国物理学家卡普拉、英国近代生物化学家和科学技术史专家李约瑟和德国著名物理学家，量子力学的主要创始人海森堡都受到庄子哲学思想的影响。汤川秀树说他得诺贝尔奖的成果灵感就是受庄子“口与忽相遇于浑沌之地”的启发。海森堡十分推崇庄子技术哲学的思想，并多次在讲演中提到庄子的观点。后来，海森堡又把庄子的哲学写进了他的专著《当代物理学的自然图象》。