明代，从事海上贸易的福州人颇多，至海外的商人也很多。据明王应山《闽都记》记载：当时福州人往海外者有阮、芮、朴、郝等姓，他们住居外国多年，娶番妇生子，携带回国，而较轻便的番船(福州人称外国船只为“番船”)，可以迳入闽江，停泊码头。按照当时政府规定，番船入境，须经地方官员允许，并须验证，至于停泊何处码头，也要经过官府的指定才行。明代藤山有一块地，土名“上王”，地临江滨，居民稀少，江阔水深，宜泊船只。弘治十一年(1498年)，太监邓某来闽督管海上船舶，贪受外人厚贿，遂将该地租于外人开凿新港，以供番船停泊。当时，这里桅杆林立，外国船只密集，人即称之为“番船浦”。其后，地扩成洲，可以播种农作物。至康熙年间(1662年至1722年)，官府派人来测量田亩，编入册数。因地处江岸，水陆交通便利，商贩云集，到处建起房屋，逐渐成为临江之小埠，人们即以浦名呼作地名。因福州话“番”与“泛”谐音，而“番”带有“洋”的意思，故现在改称为“泛船浦”。
自五口通商后，福州虽为对外开放口岸之一，但因魁岐一带江心沙土冲积，外轮不能驶入福州，只能停靠在马尾港，因此番船浦早已名不副实。清政府只得在附近设立海关，验物抽税，于是又有海关埕之名。
番船浦旧有舍人庙，香火鼎盛，后因城建需要，迁至高盖山北麓。
1931年，因万寿桥(今解放大桥)桥身受损，须做部分修建，不能通行，行人过江全凭小汽轮运载。渡口北边设在台江汛，南边在番船浦舍人庙，故日夜待渡之人络绎不绝。小商小贩亦趁机来此经营，一时又成闹市。到大桥重建竣工恢复通行后，此地复归荒凉凄清。上世纪40年代，诗人俞绍瀛有《番船浦所见》诗云：
“对面青山似画图，烟云旦晚自模糊。
番船旧说曾聚浦，今只渔舟傍芦苇。”
可算是当年番船浦之冷寂的真实写照。