除了外部的质疑之外，朱聿键在福建地区也并不安稳。海盗出身的郑芝龙把福建视为自己的私有财产，他对百官可以指指点点。郑芝龙之所以要拥立朱聿键称帝，完全是把他当成了与北方清廷谈判的筹码。如果清廷给的价格合适，郑芝龙会立刻出卖隆武皇帝。清军占领江苏之后，并没有立刻南下。朱聿键建议军队应该主动出击，在江西、浙江一带布防。虽然他是皇帝，但他只能提出建议。但郑芝龙为了保存实力，拒绝了朱聿键的建议。郑芝龙私下里一直再和清廷秘密谈判，清廷许诺“如果郑芝龙投降，浙江和广东就都是郑芝龙的封地。”得到了这样的筹码之后，郑芝龙决定立刻剃发降清。
三、郑芝龙和郑成功之间彻底决裂
郑芝龙虽然准备投降，但是遭到了儿子郑成功的反对。郑成功是郑芝龙与日本夫人的儿子，但对明朝还是有感情的。郑成功反对投降，最终父子完全决裂，郑芝龙带着一部分军队投降清廷。在福建的防御力量遭到削弱之后，清军立刻南下。依靠福建的兵力已经不足以抵抗清军，在福州失守之后，朱聿键撤往了汀州。最终他被清军包围，朱聿键拔剑与清军血战，最终被清军射死。而朱聿键的皇后为了避免被清军侮辱，选择了跳崖自杀。清军占领了福建大部，但对金门、厦门一带一直无可奈何。郑成功利用这一带不断袭击清廷，最大的一次以12万大军包围了南京城。最后说下郑芝龙，他到达北京之后，已经失去了所有的价值，清廷答应他的裂土封疆成为了泡影，最终他被清廷斩首。