然而正当朱翊钧一心一意用功学习的时候，他的父亲穆宗皇帝却因地位和环境的变化，开始不思图治，追求享乐生活了。他把国家大事全部推给张居正，自己却沉湎于酒色之中，整日深居后宫，任情纵欲，寻欢作乐。由于纵欲过度，身体越来越不好，即使在他病情最严重的时候，他仍然纵情色欲，不听臣下劝谏。
慈圣皇太后与太监冯保都喜欢书法。所以，神宗很小的时候书法就极为工整。冯保在宫中，被皇帝称作“伴伴”、“大伴”。万历小皇帝对于冯保非常畏惧。每次万历小皇帝与小太监玩的时候，看到冯保来了，就正襟危坐，说：“大伴来了。”冯保的职责不但是对皇帝实行 一般的教育，有时还要代皇帝朱批。因此，他与张居正之间的联系要紧密一些。实际上，正因为内有冯保，外有张居正，万历初年的新政才能顺利地推行。
从万历三大征看来，神宗绝不是一个平庸的皇帝。实际上，神宗对于每一次军事行动，似乎都充分认识到其重要性。而且，在战争过程中对于前线将领的充分信任、对于指挥失误的将领的坚决撤换，都显示了神宗的胆略。但从另一侧面来看，三大征对明王朝的财政也造成了极其沉重的负担，张居正时期辛苦积蓄的四百万两贮金，在万历援朝之战中全部烟消云散。国库的空虚，导致明王朝与后崛起的满洲八旗军队作战的军费，只能依靠国家不断增税来弥补，可以说是明末农民大起义的一大重要诱因。
朱翊钧曾作为一代英主，在张居正的辅佐下，使大明王朝的经济得到了空前的繁荣，他也曾穷奢极欲，横征暴敛，背负了千古骂名。