不过，说到焚书坑儒的原因，可以追溯到秦孝公时期的商鞅变法。虽然商鞅车裂而死，但是商鞅所立之法却被完整地保留了下来。所以，在这样的环境和氛围里，秦始皇对法家思想，态度上肯定是欣赏的，行动上肯定是践行的。尤其是商鞅令人诟病的法家思想，更是被韩非子和李斯发扬光大。丞相李斯主张“以法为教、以吏为师”，这也被秦始皇所接受。与此同时，之前在分裂时期散漫闹腾惯了的六国儒生妄图左右秦朝统治阶层的舆论风向。察觉到统治根基受到威胁的秦始皇、李斯，明白从思想上教化儒生已经是不可能了，唯有从肉体上消灭他们了，在这里，笔者认为坑儒，除了坑杀儒生和术士外，还包括法家之外的其他学派人士。同时为了防止后世出现千千万万的后来者，那就让思想的载体——书本灰飞烟灭好了。
值得注意的是，在短暂的秦朝灭亡后，西汉的汉武帝听从董仲舒的建议，实行了“罢黜百家，独尊儒术”的统治策略。由此，在秦朝被严重打压的儒生，如雨后春笋般生长壮大。更为关键的是，儒家在中国古代朝廷的地位，就此一路走高。由于史家也算是儒学的一个分支，太史公在《史记》中，不免对秦始皇时期的“焚书坑儒”事件增加主观性的描述，而这无疑加重了后世对焚书坑儒的误解。
最后，总而言之，焚书坑儒在目的上和独尊儒是具有一致性，都是为了加强思想文化的控制，从而稳定秦王朝的统治基础。不过，因为实施过程明显残暴、激进，一定程度上破坏了我国传统文化的传承。甚至可以说，焚书坑儒背离了秦始皇和李斯的原本政治意愿，加快了秦王朝的灭亡速度。