《清史稿》编写的体例大致取法《明史》，但又有所创新。如本纪部分不仅逐年记载了皇帝的军国大事，而且在前代逊君还健在、无谥可称时，创了“宣统纪”的新格局;各志、表中除记录天文、地理、礼乐、选举、艺文、食货及皇子、公主、外戚、封臣等各方面活动外，新修的交通志、邦交志及表中的军机大臣、理藩院，都是前史所未有的。列传中创立了畴人、藩部、属国三传，反映了清代社会的新发展。另外，对于反清斗争的重要人物如张煌言、郑成功、李定国、洪秀全等，《清史稿》也都列了传。这些都是值得称赞的。
但是，由于参加修史的人多是清朝的遗臣，因此书中贯穿着反对民主革命，颂扬清朝正统的思想。例如诬蔑明末农民起义军为“土贼”，称太平军为“粤匪”，视辛亥革命为“倡乱”。而对帝国主义的侵华罪行和清朝统治者的反动行径却多处隐瞒，倾向性错误显而易见。对此，连当时的南京国民政府人员都极为不满。1929年12月14日，故宫博物院院长易培基列举了十九条理由，呈请政府下令禁止《清史稿》发行，其中有;反革命、蔑视先烈、称扬诸遗老、鼓励复辟、反对汉族、为清朝讳等内容。
同时，由于《清史稿》是众人编纂而成，编写时彼此缺少照应，更因时局动荡，仓促成书，未经主编总阅审定便“随修随刻，不复有整理之暇”，过于粗陋。因此，体例不一，繁简失当，史实之中也有不少错误。其实，这与赵尔巽的主导思想有关。因为他把此书看做是“急就之章”，“并非视为成书”，只是想以此作为“大辂椎轮之先导”，对于书中所有疏略纰缪处，“敬乞海内诸君子切实纠正，以匡不逮，用为后来修正之根据。”显然，按其本意。《清史稿》只是类似现代的一部征求意见稿。这样，易培基所指责的“体例不合，人名先后不一致，一人两传，目录与书不合，纪表传志互不相合，有日无月，人名错误，泥古不化，简陋，忽略”等谬误也就成了先天性的问题。至于遗漏、颠倒、文理不通等现象更属意料中事。