《元史》的版本很多，最早的是洪武刻本，洪武三年(1370)秋七月《元史》修成，十月便已“镂版讫功”。嘉靖初年，南京国子监编刊二十一史，其中《元史》用的是洪武旧版，损坏的版面加以补刊，一般版心有嘉靖八、九、十年补刊字样，是为南监本。万历二十四年(1596)至三十四年(1606)，北京国子监重刻二十一史，《元史》也在其中，是为北监本。
清朝乾隆四年(1739)武英殿又仿北监本重刻《元史》，是为殿本。乾隆四十六年(1781)，对辽、金、元三史的译名进行了谬误百出的妄改，挖改了殿本的木版，重新印刷，通称乾隆四十六年本，这个版本是《元史》最差版本之一。道光四年(1824)，又对《元史》作了进一步的改动，重新刊刻，是为道光本。以后还有各种翻刻重印的版本，通常为治元史者所不取。
1935年，商务印书馆以99卷洪武本和南监本合配在一起影印出版，是为百衲本，此在通行各本中最接近于洪武本的原貌，为治元史的中外学者沿用了四十余年，但其中有描修的错误。1976年4月，中华书局出版点校本，以百衲本为底本，校对了北京图书馆藏原书、北京大学图书馆藏一百四十四卷残洪武本及其他版本，还吸收了前人对《元史》校勘的成果，并利用了大量的原始资料，校正了有关史文，这是目前最好的版本。