《元史》问世后，很多学者对它表示了不满，钱大昕则是不满者中持激烈否定态度的一个。他指出：“古今史成之速，未有如《元史》者，而文之陋劣，亦无如《元史》者”“开国功臣，首称四杰，而赤老温无传。尚主世胄，不过数家，而郓国亦无传。丞相见于表者五十有九人，而立传者不及其半”“本纪或一事而再书，列传或一人而两传”。
明朝的徐一夔也说：顺帝在位三十六年的事，既无“实录”可据，又没有参考书，只凭采访写成，恐怕史事未必核实。对于《元史》的批评，主要认为它的编纂工作过于草率，没有认真的融合贯通，基本上都是利用已有的文献资料，略加删削修改而成。但是，作为研究元代历史的史料来看，《元史》比其他某些正史的史料价值更高。它仍是我们今天了解、研究元代历史的极其珍贵的文献。它是最早的全面、系统记述元代历史的著作。
①元代的十三朝实录和《经世大典》已经失传，其部分内容赖《元史》得以保存下来。②《元史》的本纪和志占去全书一半，而本纪占全书近四分之一，《文宗纪》竟多达一年一卷。有人批评它不合定例，不知芟削。然而这种作法却起到保存上述失传史料的作用。列传部分，由于元代史馆的资料就不完备，汉族文人常有碑传可资参考，而一些蒙古名臣往往无从搜寻，因此立传有详于文人，略于蒙古将相大臣的现象。如丞相见于表的有五十九人，而立传的不及一半。太祖诸弟、诸子仅各有一人有传，太宗以后皇子无一人立传。可是就见于列传的蒙古、色目人而言，其中有一小半人已没有别的史料可供参考，后世对这些当时有很大影响的历史人物的事迹只能通过《元史》才能了解。③纂修者违反了修史的惯例，没有删去儒家学者认为不屑一提的史实。如有人批评“作佛事则本纪必书，游皇城入之礼乐志”。又批评它“列传则先及释老，次以方技，皆不合前史遗规”。但这些保留或增加的内容，正是反映元代一些重大社会内容的史实。此外如《地理志》附录河源、西北地、安南郡县等项，《祭祀志》附国俗旧礼，《食货志》增创岁赐一卷，这都是根据元代实际情况保留下来的重要史料。