按照明朝的制度，皇帝是朝政大事的惟一决策者。一旦皇帝不愿处置但又不轻易授权于太监或大臣，整个朝廷的运转就可能陷于停顿。因此，明神宗为了讨好宠妃而采取的这种不负责任的“罢工”，无疑给大明王朝带来了致命的后果。
据有关史料记载，到万历三十年，即公元1602年，定制官员空缺的现象已然非常严重。这一年，南、北两京共缺尚书三名、侍郎十名;各地缺巡抚三名，布政使、按察使等官六十六名、知府二十五名。按正常的编制，南、北二京六部应当有尚书十二名，侍郎二十四名，这时总共缺了近三分之一。到万历三十四年，即公元1606年，朝廷中央九卿要员中空缺一半，有的衙署竟然一个人也没有。到了万历四十年，即公元1612年，内阁仅剩下了叶向高一个人，六部九卿仅赵焕一人，都察院已经连续八年没有正官。
而地方的行政管理，有时必须由一个县的知县兼任邻县的知县。从这样的情形，可以想见万历后期朝政运作的效率。神宗萎靡委于上，百官党争于下，这就是万历朝后期的官场大势。官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。大明王朝几乎瘫痪，已是到了崩溃的边缘。因此《明史》在明神宗的盖棺定论时说：“论者谓：明之亡，实亡于神宗。”