《水经注》完成于1400多年以前，当时雕板印刷尚未出现，一切书籍的流传都是通过传抄来实现的，《水经注》也不例外。
钞本及流传
《水经注》写成以后不久，郦道元就遇害，当时这部著作有几种钞本，已不得而知。隋统一全国，整理国家藏书，《隋书·经籍志》著录有《水经注》一书的钞本，卷数为四十，是完整无缺的本子，这也是目前所知《水经注》最早的钞本。
唐朝取代隋朝后，《水经注》成为唐朝的国家藏书，《旧唐书·经籍志》与《新唐书·经籍志》均著录为40卷。唐后经五代至北宋初，《水经注》的钞本仍为足本，被作为历朝的国家藏书代代相传。(国家藏足本)
北宋景祐年间(1034——1038)，崇文院(北宋朝廷的藏书库)整理藏书，编制《崇文总目》，《水经注》被著录为35卷。从这个时候开始，北宋以前的一些类书和地理书所引《水经注》中的泾水、滹沱水、(北)洛水等卷篇就不见了。(国家藏残本)
事实上，《水经注》的钞本，并不为历代朝廷所独有，民间也有流传。是否为隋之后，从朝流落民间，我们并不知道;是足本还是残本，也不能确定。可以确定的是，在唐朝后期，《水经注》已为一般知识分子所见，唐代诗人陆龟蒙有诗“山经水疏不离身”，说明《水经注》已有民间的钞本;到了北宋，此书在民间的流传只会更为广泛，苏东坡《石钟山记》有文“郦元以为下临深潭……”，就引了一整段《水经注》的文字。然而，这些钞本，早已不见影踪。从宋代钞本中钞出的本子，也绝无所闻。元代也没有钞本流传。(民间钞本)
到了明代纂修《永乐大典》，《水经注》被钞录在内，这个钞本一直流传了下来，我们称它为“永乐大典本”。这是我们所知的现存的最早的《水经注》的钞本。除了“永乐大典本”，明代还有一些郦学家的私人钞本。比较著名的有柳大中的影宋校本和赵琦美的三校本等，后来也都已失传。现存的明钞本有两部，一部是稽瑞楼藏本，从宋元写刊本中钞出，有清人何焯、顾广圻等校跋，现存北京图书馆;一部是海盐朱希祖旧藏，也是从宋本钞出，有王国维、章炳麟等校跋。另，天津人民图书馆也藏有一部明钞残本，称为“练湖书院钞本”，仅存卷21-24
清代最著名的《水经注》钞本为天津人民图书馆所藏的“小山堂五校钞本”。这是一部完整无缺的清钞本，卷首有“戊午夏杪篁病翁五校毕漫志于首”的题字，可知是乾隆三年(1738)年全祖望33岁时的作品。正文以外，批注甚多，要旨与赵一清《水经注释》合，可知是赵一清手笔。这部钞本熔二人业绩于一炉，是郦学界的宝贵遗产。(清钞本)
刻本及流传
《水经注》一书的刊印，出现在北宋中后期。根据已知的信息，《水经注》的第一种刊本是成都府学宫刊本，刊印年代不得而知，而且早已亡佚。第二种刊本刊于北宋元祐二年(1087年)，也已亡佚。另，现北京图书馆藏有一部残缺不全的南宋刊本，内容不足全书的三分之一，这是现存的唯一一部宋版《水经注》。
明朝以后，雕板印刷术有了很大发展，刊本很多。流传至今的明代刊本有嘉靖十三年(1534年)的黄省曾刊本，还有万历十三年(1585年)年吴琯以元祐二年本为底本的刻本。最著名的刊本是万历四十三年(1615年)朱谋玮校勘的《水经注笺》，这是《水经注》刊本史上的名本。
在《水经注笺》的基础上，清初的许多郦学家，进一步认真校勘，出现了不少优秀刊本。特别是在乾隆年间郦学研究进入全盛期后，先后刊印了两种超越前代的佳本：其一是赵一清所校勘正，于乾隆十九年(1754年)刊印的《水经注释》。依清代著名学者王先谦的评价，此书为赵一清“数年考订苦心”的杰作。《水经注释》刊行以后，接着刊行的就是武英殿聚珍本，即所谓的“殿本。继殿本以后刊行的是全祖望的《七校本水经注》，他所依据的底本是一本被称作“双韭山房校本”的家传本。全氏一生，校此书共七次，《七校本水经注》在他死后的光绪十四年(1888年)刊行，可惜这个本子在付印之前，被校勘失误，从而影响了这部刻本的声誉。
郦学史上，《水经注》的最后一种刻本，是王先谦的《合校本水经注》，刊行于光绪十八年(1892年)。他以殿本为底本，把朱谋玮的《水经注笺》、赵一清的《水经注释》以及孙星衍等校本的成果收入在内，这是一种受人欢迎的佳本。
其它版本
清代后期，欧洲在18世纪末年出现的石版印刷术传入中国。石印书籍在这时大批出现，包括《水经注》在内。光绪二十年(1894年)长沙宝华书局石印的巾箱本《合校水经注》，即是石印本。
铅印是至今流行的一种印刷技术，中国在30年代曾经出版过几种铅印本《水经注》：一种是商务印书馆出版的《四部丛刊》本，由殿本排印而成;一种是中华书局出版的《四部备要》本，由合校本排印而成。这两种铅印本《水经注》，对此书的流行，发生了很大的影响。
一些普通原稿和钞本，制作成铅印本是容易的，但对于一些正文中夹带了珍贵批注的本子，却只有影印才行。1935年，商务印书馆采用影印的办法，出版了《永乐大典》本《水经注》，这是有史以来的第一部影印本。《永乐大典》本《水经注》的问世，是中国郦学史上的一件大事。除了这部影印本外，建国以后，中国科学出版社出版了另一部规模巨大的《水经注》影印本，这就是杨守敬、熊会贞合撰的《水经注疏》。遗憾的是，他们的定稿本被人盗卖，至今下落不明，只有早年的钞本流传。中国科学院于1957年影印了他们的早期钞本，这是中国出版的第二部《水经注》影印本。1971年台北中华书局影印出版了他们早年的另一部钞本，这是中国的第三部《水经注》影印本。