说《四库全书》比《永乐大典》强，一般的理由是《四库全书》的部头比《永乐大典》大，而且大得多。
但也有不少人认为“《四库全书》怎可和《永乐大典》相提并论!”，主要原因是乾隆编《四库全书》时“寓禁于征”，并认为乾隆编《四库全书》是对中华文化的一次变相的浩劫。相反，明朝永乐皇帝编《永乐大典》，对所收录的书“一字不加删改”。所以有人进一步认为“乾隆皇帝与永乐皇帝不同，没有兼收并蓄的胸怀”。
清朝统治者编《四库全书》的确出于维护统治的目的毁、禁了不少书，不能不说清朝当时的统治者的确有他们狭隘的一面。
但是，持第一种观点的人往往忽略了很重要的一点，就是编书目的。
两帝编书都有显示自己对文化的重视、借以笼络士人、炫耀文治的目的，区别在于：永乐皇帝编《永乐大典》是为了方便自己检索，成书之后作为皇家藏书藏于深宫，一般是密不示人的，但不会因此达到对百姓的政治目的。
乾隆皇帝编《四库全书》后抄了7部，“北四阁”的4部藏在皇宫和皇家园林中，大臣、翰林经批准可以前去查阅;“南三阁”则准许一般士子赴馆阅录;还有副本一部，藏翰林院，传布士林。
乾隆编《四库全书》时毁、禁书，一方面是因为清朝作为少数民族统治中国，比明朝多了民族问题这个敏感点;还有一个很重要的原因是这部书不是仅仅编给自己看的。但是却是想让人看了之后觉得没有不对，似乎是就该做他们的奴隶，而不是应该有自己的思想，自己的想法，没有自由的言论。
季羡林先生评价《四库全书》：“嘉惠学林，功在千秋。”，《四库全书》一个很重要的积极意义就是打破了私人藏书、密不示人的局限，使当时的读书人也能从这个文化大工程中受益，同时也受到愚化。
由于清朝把对其统治不利的书排除在外，产生了“使天下士子阅读，永不会觉得我们中国的作者里面，也曾经有过很有些骨气的人。”(鲁迅语)的后果。
《四库全书》收书和毁书数量：
先说收书：《四库全书》有不同版本，收书数量略有不同，第一份告成时收书3461种，79309卷，后来的文津阁本收书3503种、79337卷。
再说毁书：编《四库全书》毁、禁书数量不同专家给出不同数字，大致毁、禁、改书也达到3000余种。
乾隆把天下书收集来，一半毁了、一半收入《四库全书》。而且不仅毁书，还借此大行文字狱。以至于“九州生气恃风雷，万马齐喑究可哀”矣。
事实上，当时清廷征集到的书总共12237种，除了被收录和被毁禁外，那些编纂者认为价值不大的书，仅在《四库全书总目》中仅存其名，列入存目，这类著作共有6793种、93551卷，比收入《四库全书》的著作多出将近一倍。这些存为书目的书是不允许留存和传播的，虽然没有明毁明禁，却不允许收藏，之所以只存个书目，不过是为了以示这些书知道就好，没有必要看罢了，实际上真的没有必要么?
明末清初的科技科学著作都被付之一炬，明代《军器图说》罗列了各种火器,图文并举,叙说军器之制造，使用与威力等，却被焚毁。《崇祯历书》《天工开物》等决定着中国科技的一系列著作统统被毁，以至于后世之中华，不识不知科技为何物，积贫积弱。《军器图说》的那一句“夷虏所最畏于中国者,火器也”成了对满清修《四库全书》最大的嘲讽。
与《永乐大典》相比，相差何止毫厘?虽然《永乐大典》并没有向民间推行，但是它里面有的东西，民间都有，纵使不读，也不会存在你想知道的而没办法知道。但是《四库全书》就不一样了，推行的目的也不过是为了想让人知道他想让你知道的，你自己想知道的一些，他不想让你知道，你就永远也不会知道。全书都没有，那么这个东西就不存在，或者没必要存在。
正像文人鲁迅在批评明清和民国文人时表示：“现在不说别的，单看雍正乾隆两朝的对于中国人著作的手段，就足够令人惊心动魄。全毁，抽毁，剜去之类也且不说，最阴险的是删改了古书的内容。乾隆朝的纂修《四库全书》，是许多人颂为一代之盛业的，但他们却不但捣乱了古书的格式，还修改了古人的文章;不但藏之内廷，还颁之文风较盛之处，使天下士子阅读，永不会觉得我们中国的作者里面，也曾经有过很有些骨气的人……清朝的考据家有人说过，“明人好刻古书而古书亡”，因为他们妄行校改。我以为这之后，则清人纂修《四库全书》而古书亡，因为他们变乱旧式，删改原文;今人(民国)标点古书而古书亡，因为他们乱点一通，佛头著粪：这是古书的水火兵虫以外的三大厄。 ”