文宗阁版
文宗阁位于镇江金山寺。文汇阁一名御书楼，位于扬州天宁寺西园大观堂。乾隆四十二年(1777)两淮盐政寅著领到颁贮扬州天宁寺行宫和镇江金山行宫的两部《古今图书集成》，奏请在行宫内仿天一阁规模建造藏书楼。乾隆四十四年(1779)镇江藏书阁建成，乾隆赐名文宗阁。次年扬州藏书阁建成，赐名文汇阁。两阁各入藏《古今图书集成》一部，阁中尚多空余书阁，后各收贮《四库全书》。道光二年(1842)第一次鸦片战争中，文宗阁本《四库全书》遭英军破坏。太平天国势力发展到江浙时，镇江、扬州被太平军攻克，文宗阁、文汇阁及其所贮《四库全书》一同化为灰烬。
文澜阁版
杭州圣因寺行宫原有《古今图书集成》藏书堂一处，乾隆四十七年(1782)在堂后改建文澜阁，次年年底完工。咸丰十一年(1861)太平军第二次攻下杭州，文澜阁《四库全书》大量散佚。杭州藏书家丁申丁丙兄弟收集残余，得到8140册，仅及原书四分之一。1864年太平军退走，丁氏兄弟又不惜重金从民间收购。光绪六年(1880)在旧阁原址上重建文澜阁。丁氏兄弟将书送还，并陆续抄补。民国后，归浙江省图书馆庋藏。1914年、1923年，两次组织人力就丁氏兄弟钞补未全者予以补钞。文澜阁本《四库全书》始渐复其原。抗战时曾运至青木关，胜利后运回浙江，现藏浙江省图书馆。
文津阁版
在热河行宫(今河北省承德市)的避暑山庄。乾隆三十九年(1774)，开始修建文津阁，次年修建完毕。乾隆四十九年十一月(1784)，《四库全书》入藏。1913年，文津阁本《四库全书》由国民政府运归北京，藏于文华殿古物陈列所。1915年，拨交新成立的京师图书馆(今国家图书馆前身)，成为国家图书馆镇馆之宝。每册卷首有“文津阁宝”，末页有“避暑山庄”、“太上皇帝之宝”小篆朱文方玺各一。史部的《八旗通志》成于嘉庆初年，后再补入，故里面仅有“嘉庆御览之宝”一方。全书与通行印本《四库全书目录》微有不同，盖以抄写较晚，有修订改易之处
文源阁版
在圆明园内。园中“水木明瑟”之北稍西为文源阁，上下各六楹，阁西为“柳浪闻莺”。文源阁的匾额及阁内汲古观澜匾额都是乾隆皇帝御书。文源阁前为玲珑峰，上面刊有乾隆御制《文源阁诗》阁东的亭内有石碑，上刊御制《文源阁记》。文源阁本《四库全书》在乾隆四十八年(1783)抄毕入藏。咸丰十年(1860)，英法联军入侵，大肆焚掠圆明园，文源阁本《四库全书》化为灰烬。今天，文源阁遗址已不可寻。刻《文源阁记》石碑尚存世间。
文溯阁版
在辽宁沈阳故宫内。乾隆四十七年(1782)，第二部《四库全书》抄写完毕，送藏文溯阁。民国时期，文溯阁《四库全书》辗转流徙，几经危殆。1914年运京，存于保和殿。1925年，奉天教育人士拟办图书馆，呈请北京国民政府当局索回此书。1931年“九一八”事变爆发，东北沦陷，文溯阁本《四库全书》也落入日本人手中。日方曾假借所谓“国立图书馆”的名义代为封存。1945年日本战败投降，文溯阁本《四库全书》才又回到人民手中。文化大革命期间，因战备需要，中央下令将文溯阁本《四库全书》从沈阳调出，运至甘肃存放至今。
位于紫禁城内的主敬殿后(主敬殿为文华殿后殿)，建成于乾隆四十一年(1776)。乾隆四十六年十二月(1782)，第一部《四库全书》缮写告成，入藏阁内。民国时期，由故宫博物院接管。1933年春天，日寇侵略热河，北平地区形势十分危急。故宫博物院将文渊阁本《四库全书》连同所藏其他历代文物装箱南迁，运至上海。抗日战争全面爆发，又辗转数千里运抵蜀中。抗战胜利之后复运抵南京。国民党政府从大陆撤退时，运往台湾，现藏台北故宫博物院。
文津阁版
现存于国家图书馆的文津阁《四库全书》，是七部《四库全书》中的第四部，成书于清乾隆四十九年(1784)，原存于承德避暑山庄。文津阁《四库全书》入藏国家图书馆后，一直受到人们的特别关注，与敦煌遗书、《赵城金藏》和《永乐大典》并称为国家图书馆善本四大专藏。
文津阁《四库全书》共36304册，分装6144个书函，陈列摆放在128个书架上。它是七部《四库全书》中保存最为完整，并且至今仍是原架、原涵、原书一体、乾隆御笔“题旧五代史八韵”刻在子部第32、33架的侧板上。书函中央板、丝带、铜环一依当年。翻开书册，即见“文津阁宝”朱印、“纪昀复勘”黄笺、雪白的开化纸和端正的馆阁体楷书，令人叹为观止。
文津阁《四库全书》具有独特的历史文献价值
第一， 从七部《四库全书》的成书时间来看，文津阁是北方四阁中最后完成的一部，距第一部文渊阁《四库全书》成书已有三年之久，对已发现的讹误、遗漏当有所补正。
第二， 文津阁本是档案明确记载曾经乾隆亲校，并由纪昀亲自三校的抄本，几乎每册均有校核记录，其编校质量优于包括文渊阁本在内的其他诸本。
第三， 就仅存的三部半《四库全书》看，文津阁本保存最为完整，其他三阁本均分别据文津阁本加以补抄。经学者核对录异，文津阁本《四库全书》与文津阁本在篇卷、文字、《永乐大典》辑佚本、序跋、附录、提要等方面存在很多差异。文津阁《四库全书》所保存下来的一些文献资料已是海内孤篇。