《孽海花》批判了封建统治阶级的昏聩无能、封建士大夫的醉生梦死以及封建制度的腐朽没落，表现了资产阶级民主革命的要求和思想，具有强烈的时代精神，具有一定的政治意义。另外，小说着重表现了晚清高级知识分子在“由旧到新”这一历史“大转关”时期的精神生活和文化心态，反映了同光时代各种思想文化的冲突与嬗变，反映了它的文化意义。
从雅聚园的描写中，可表现出同治时期一般读书士子的精神风貌，国家已岌岌，而他们对此却麻木不仁，对世界大势几乎是一无所知。然而，时代变化促使读书士子阶层发生分化，某些通达之士亦注重经史百家的学问，对西学表现出浓厚的兴趣。就在第2回叙及金雯青在上海小住。洋务派冯桂芬来访，为主人公阐明时代变迁以及学习西学的重要性，一番话直令状元郎茅塞顿开。随后，金雯青又应邀赴一品香会客，席间听薛淑云(影射薛福成)、王子度(影射黄遵宪)等人“议论风生，都是说着西国政治学艺”，想道：“我虽中个状元。。。从今看来，那科名鼎甲是靠不住的，总要学些西法，识些洋务，派入总理衙门当一个差，才能够有出息哩!”由此意味深长的心理剖白，可见在上海这等开放的城市，学西法、识洋务在知识界已成为时尚。到18回有关“谈瀛会”的描叙，就十分清晰地表现了这一思想文化变迁的足迹。从第2回写金雯青衣锦还乡、途经上海聆听薛淑云、王子度的洋务高论，到18回叙及金雯青由俄返国途经上海参加“谈瀛会”，其间经历了20余年的时间，这期间思想文化界发生了深刻的变化，康有为的维新变法思想开始在社会传播，同时，从洋务派中亦分化出一批具有变法思想的改良派。“谈瀛会”上，依然是薛淑云、王子度一班人，而其政治见解较20年前大有进步。“谈瀛会”的中心话题是：“吾今自强之道，究以何者为先?”围绕此论题，各抒高见。或以为力争外交权为急务;或以为当以练兵为首要;或以为发展经济为基础;而最具说服力的论辩，则是以为必以政体变革为第一。而此论实际上最终成为诸名士的共识。毫无疑问，它属于改良主义的新思潮。
此外作者也刻画了一批思想激进的知识分子，他们以为清朝政府已经腐败透顶，以和平的方式去变革政体不过是幻想，最终难以付诸实践。第29回叙及革命派领袖人物杨云衢(影射杨鸿飞)的演讲辞，从而明确揭示了革命派政治主张的本质内容：“现在的中国少不得革命的了!。。。现在的革命，要组织我黄帝子孙民族共和的政府。”很显然，这种以“推翻专制，建立共和”为核心的政治主张。但是，在小说所描写的那个特定时代，革命派思潮尚未风靡社会。第29回叙及革命中坚人物陈千秋只身赴沪，结果却令他大为失望。偌大一个上海，竟难觅知音。即使“大家推崇的维新外交家王子度，也只是主张废科举，兴学堂;众人惊诧的改制新教王唐猷辉(影射康有为)，不过说到开国会，定宪法。都是扶墙摸壁的政论，没一个挥戈回日的奇才”。陈千秋的忧愤，既表达了对维新派切中肯棨的批判，又反映了革命派思想尚缺乏知音的时代特征。革命派思潮风行于世，那是戊戌变法失败之后的事情。
《孽海花》成书于资产阶级革命走向高涨的年代，其昂扬的爱国精神和激进的革命倾向，发聋振聩。首回“恶风潮陆沉奴隶国”，体现了作家深切的危机意识，“十八省早已都不保了”的疾呼，在20世纪初叶敲起了警钟。作家的批判笔锋集中指向封建专制政体，甚至借书中人物之口，阐扬了石破天惊的革命主张：“从前的革命，扑了专制政府，又添一个专制政府;现在的革命，要组织我黄帝子孙民族共和的政府。”(第四回)书中还勾勒了英气勃勃的革命党人孙汶、陈千秋、史坚如等的形象，其思想之激进，实出于晚清一般谴责小说之上。
循着作者的笔触，不难寻绎出30年间政治、文化的演变史，从而，使小说具有了“历史哲学”的意味和境界。虽然，小说中不乏对清廷腐败的揭露和谴责，然而，它只是在反映政治文化变迁史过程中的附带而已。因此，《孽海花》终究是一部“历史小说”。只有把握了它的这一本质特征，对这部小说的理解就会深入一层。