嘉庆十八年，农民起义军公然冲进他的统治心脏紫禁城，在城楼上插反旗，直逼皇后住所，意欲捣毁金銮殿。皇宫乃皇权象征，丢掉皇宫意味统治基石的崩溃。这是对他统治能力的极端藐视和否定。虽然起义被镇压了，但他再次感到了自己的无能。
嘉庆皇帝整治腐败可谓不遗余力，可总难以改观。贪官污吏盘根错节，损公肥私，专权败政，至相当严重程度，甚至出现了贪官杀清官的荒唐事!更为奇怪的是，堂堂兵部行印(即中央军事国防最高行政机构关防)竟然不翼而飞，是丢失，还是被盗?是无意疏忽失落，还是另有阴谋策划?嘉庆苦苦追查，可一直无法弄清。嘉庆从这件事上可以看出自己的王朝吏治败坏至何种地步，但是他也不知道自己怎么做才能扭转日益腐败的吏风。
让嘉庆更加伤脑筋的是社会动荡，不稳定迹象益加明显。直隶、山东、河南、四川、江南、安徽、湖北、山西、黑龙江等地，均有民间宗教活动，且教门名目数十，徒众多为农民。浙江宁波府有生员，组织破靴党，包揽诉讼，挟制官长，甚至有动众劫掠、棍械伤人情事。由于天灾人祸，百姓无以为生，规模不大的造反经常爆发，如嘉庆二十三年山西省交城、平阳、霍州一带，流民聚集，大山连接，占山为王。和顺、榆次、平定、辽州等处，成为造反农民盘踞要点。他们或下山掠夺，或进入城镇劫富济贫。内蒙古、京畿和直隶地方，民被逼为盗，数十成群。
嘉庆不明白，为什么父亲(乾隆)在世的时候，天下太平，轮到自己坐江山，怎么会如此棘手?为了那些长期阻挠国家振兴的老大难问题，他呕心沥血，费尽心机，苦斗二十五年，可是依旧如斯，怎不叫他觉得失望、烦闷和伤感呢?面对日益衰败的国家，他感到无能为力，但是又无法从数不胜数的公务中抽身自拔，在巨大的压力之下，他的身体必然走向恶化。
嘉庆帝从病倒至归天，还不到一天工夫。虽然死前没有任何征兆，但是导致猝死的最大的祸首却是长期的劳累、伤神、压抑、苦恼、忧郁和烦躁。可以毫不夸张地说，几十年来，他为治理这个封建大国殚心竭力，付出了全部心血。他曾经有扭转王朝颓败的豪情，也敞露出以振兴国家为己任的雄心抱负，但他的才能不足以带领大清帝国走向中兴，他根本无力驾驭这个动荡不安的封建后期社会。