群臣虽然反对，但拗不过皇帝，皇帝决定的事，谁敢说个不字。司马昱的遗诏正准备发出时，侍中王坦之听说了，非常气愤，他急匆匆赶到皇宫，一把扯过遗诏，当着躺在床上气息奄奄的司马昱的面，将遗诏撕了个粉碎。王坦之一向忠于晋室，见皇帝如此安排后事，这是要把江山社稷给混蛋啊！王坦之用非常举动，表示了对司马昱的不满。一看这情况，司马昱老泪纵横，有气无力地对王坦之说，“上天不保佑大晋，又有什么办法？我这么做也是迫不得已啊，我都不在乎了，你有啥想不开的？”
这时，王坦之义正言辞地说，“天下是宣帝（司马懿）开创的天下，又有元帝（司马睿）中兴，陛下你有什么权力将天下拱手让人？”一句话堵得司马昱没电了。见大晋还有像王坦之这样忠心耿耿的大臣，司马昱勇气倍增，胆子也大了，于是让王坦之改写遗诏，“家国事一禀大司马，如诸葛武侯、王丞相故事。”意思是说，家国大事都要一一禀告大司马桓温，让桓温像诸葛亮、王导那样竭力辅佐新帝。写完遗诏的当天，司马昱死去，享年五十三岁。
司马昱“少有风仪，善容止，留心典籍”，徒有气宇轩昂的外表和远近闻名的声望，并无真才实学，“虽处尊位，拱默守道而已，常惧废黜”，拿权臣桓温一点办法没有。一遇到难题，就哇哇大哭，泣下沾襟。因为他“虽神识恬畅，而无济世大略，故谢安称为惠帝之流，清谈差胜耳。沙门支道林尝言会岙有远体而无远神。谢灵运迹其行事，亦以为赧献之辈云”，对他评价很低。