太平天国失败后，人们传言曾国藩有野心，其实他的部下早就怂恿他谋取帝位。在与太平军作战时，清廷不得不依重湘军，可是，如今太平军被“荡平”了，慈禧太后能允许曾国藩在江南坐大么??东南卧着一只虎，她睡觉也不安心。于是她把曾国藩调离江宁，派马新贻任两江总督，迅速裁撤湘军。
江宁是湘军攻下来的，两江一直被湘军视为私地，他们在那里经营了数年，岂能轻易让给马新贻。马新贻几10年来一直没有本人的军队，孑然一身来到江宁，如入龙潭虎穴。马新贻被刺，朝廷心中明白，为了不致激起兵变，动摇清王朝的统治，赶紧调曾国藩回莅江宁坐镇。从此，两江总督宝座长期掌握在湘系手中，其余人不敢问津。
太平天国失败后，湘军的劣根性充分暴露出来，他们比土匪还要凶残，明目张胆地肆疾抢掠。清末施行裁勇改兵制度以后，几万湘军士卒被裁撤，其中不乏将领。这些人并不回乡务农，而是到处游荡掳掠。有些人参加了哥老会，有些人本来就是哥老会成员。湘军裁撤扩大了黑势力，散兵游勇又与黑势力接合，成为社会的一大公害。马新贻在惩治散兵游勇时特别严厉，尤其是他任命以剽悍著称的袁保庆为营务处总管，抓到为害百姓、有非法行为的散兵游勇即就地正法。散兵游勇和黑势力对他恨之入骨。
那个曾给孙衣言透过口风的颜士璋颇有心计，他写了一本《南行日记》，记述了赴宁的所有过程。据他的曾孙颜牧皋说，日记中写道：“刺马案与湘军关于。”“刺马案背后有大人物主使。”
张汶详刺杀马新贻，在警卫森严的督署重地一扑而中。马新贻被刺后，立即有“刺马案”戏文上演，还正值乡试，安徽学政殷兆镛出试题，竞然寓其讥讽，乔松年也来凑热闹，写了一首歪诗作证，湘军将领给张汶详立碑等等。全部这一切都说明刺马案是一件有打算、有组织的政治谋杀事件。从案件的实施，到舆论的有力配合，以及对审案的精心策划和对结案的精明设计，都说明它出自高手之手。