朱元璋到底葬在明孝陵还是别处，只要我们能够进入明孝陵地宫看一看便真相大白了，但又有传言说明孝陵地宫曾被盗过。
为了弄清历史真相，研究明代第一陵的建筑规制及其对后来的影响，经国家文物局批准和江苏省、南京市文物主管部门的安排，自1997年起，南京市文物研究所与中山陵园管理局文物处对明孝陵进行了长达6年的考古勘探和研究。考古人员借助磁测(GMP)技术，在经过选择的核心区方圆2万多平方米的区域内，在1米见方组成的上万个有规则的方格点上，通过探测地下介质(土、石、砂及人工物质)磁场的空间分布特征，根据其空间磁力线分布图像的不同，输入计算机分析，以判别地下掩埋物是否存在及其形制，终于成功地查明了明孝陵地下玄宫的位置。
最初的测网布置以明楼为中心。A测网自明楼北的石坎起，直达宝顶顶部。之所以这样布网是因为多数帝王陵寝的神道、墓道、寝宫是在一条直线上的。探测结果发现这条中轴线上没有想象中的地下构筑物。接下来沿中轴线东侧设了B测网，发现了向东南延伸的磁导信号，通过用氦光泵磁力仪进行跟踪，结果显示这是个连续的隧道状构筑物，长度达到120米，而且具有一定宽度，内径为5-6米。
经地表调查，在相应的宝城城墙上可看到两处明显的张性破裂的裂口和下沉错位，由此推测这里很可能就是隧道状构筑物即地下宫殿墓道的入口之一。
后增设东南C测网，结果找到了宝城内明孝陵地宫的中心位置，确认朱元璋就葬在独龙阜下数十米处，而且这座地下宫殿保存完好。考古人员还发现独龙阜山体表面至少60%的地方是经过人工修补、堆填的，宝顶上遍布有规则排列的大量巨型卵石。经过研究分析，这些卵石是当年造陵时搬运上去的，是帝陵美学的要求，也为了防止雨水对陵表的冲刷和盗陵者的掘挖。这样，通过借助高科技手段进行的勘探，终于排除了过去流传的地宫被盗之说。