1991年12月11日，欧共体马斯特里赫特首脑会议通过了建立“欧洲经济货币联盟”和“欧洲政治联盟”的《欧洲联盟条约》(通称《马斯特里赫特条约》，简称“马约”)。1992年2月7日，《马斯特里赫特条约》签订，设立理事会、委员会、议会，逐步由区域性经济共同开发转型为区域政经整合的发展。1993年11月1日，《马斯特里赫特条约》正式生效，欧洲联盟正式成立，欧洲三大共同体纳入欧洲联盟，这标志着欧共体从经济实体向经济政治实体过渡，同时发展共同外交及安全政策，并加强司法及内政事务上的合作。1994年的欧洲议会选举，执委会提议雅克·桑特担任执委会主席，但其实他被视为第二选择。议会勉强批准桑特的任命案，但他所领导的执委会则获得强力的支持(416票赞成、103票反对)。
1994年3月30日，奥地利、瑞典、芬兰和挪威的入盟协商完成。各国举行公民投票，除了挪威以外，其他各国均通过加入欧盟的提案。然而，挪威与冰岛、列支敦士登等欧洲自由贸易联盟成员国在1994年1月1日加入欧洲经济区。瑞士曾计划加入欧洲经济区，但遭到公民投票否决。隔年，《申根公约》正式生效，到1996年年底已扩展到近乎全欧盟会员国。1994年1月1日，欧洲经济暨货币联盟(Economic and Monetary Union of the European Union)进入第二阶段，成立欧洲货币管理局，1998年一月欧洲中央银行成立，1999年欧元开始运作，2002年1月1日，硬币与纸币开始流通，完全代替旧有货币。
1994年12月9日至10日，欧洲联盟12国和即将加入欧盟的奥地利、瑞典和芬兰的领导人在德国埃森就改进欧盟机制，促进经济增长和欧盟向东欧扩大问题达成一致。
1995年1月1日，瑞典、芬兰、奥地利正式加入欧盟，欧盟成员国扩大到15个。
1996年12月14日，欧盟都柏林首脑会议通过了《稳定和增长公约》、《欧元的法律地位》和《新的货币汇率机制》的欧元运行机制文件。
1997年6月17日，欧盟首脑会议通过了对《马约》修改和补充的《阿姆斯特丹条约》，同年10月2日，欧盟外长签署了该条约。
1998年3月12日，欧盟15国与申请加入欧盟的中、东欧11个国家的领导人在伦敦正式启动了名为“欧洲会议”的首脑定期磋商机制。
1999年1月1日，欧盟正式启动欧元。5月1日，《阿姆斯特丹条约》正式生效。12月11日，欧姆赫尔辛基首脑会议通过了《千年宣言》，决定正式接受土耳其为入盟候选人并决定在2003年前成立欧盟快速反应部队。
巴尔干地区的冲突给予欧盟发展共同外交与安全政策强大的动力。欧盟在冲突之初未能及时反应，而联合国维和部队无法阻止欧洲在二战之后最大伤亡、发生于波斯尼亚和赫塞哥维纳的斯雷布雷尼察屠杀。最后北大西洋公约组织介入战争，迫使双方坐上谈判桌。1999年3月24日，科索沃的局势使得欧盟发表共同外交和安全政策声明，并迫使北约介入科索沃与塞尔维亚之间的冲突。相较于波斯尼亚冲突，这次欧盟更为积极，之前的失败使得欧盟希望在外交事务上更有效力。 欧盟早期的外交经验显1999年5月1日生效的《阿姆斯特丹条约》，以及1997年西欧联盟领导人所发表，关于欧盟及北约两组织所扮演的角色的宣言。 之后，《尼斯条约》加强了高级代表(High Representative)与外交政策的合作。
1999年3月，爆发预算危机。议会拒绝批准执委会所提出的预算案，理由是执委会财政管理不当、欺骗及裙带关系。议会成立调查委员会，调查结果在1999年3月15日发表，内容大力抨击执委会。原来唯一表态支持的主流政党欧洲社会党决定不再支持，并与议会准备罢免执委会。在报告出炉的当天傍晚，欧盟执委会宣布总辞。 该危机严重损害了欧盟执委会面对全球危机的立场，而欧洲理事会也逐渐不信任执委会。欧洲怀疑主义在后德洛尔时代更加根深蒂固，理事会与议会也在之后几年不断质疑执委会的立场。 很快地，继任的执委会成立反欺诈部门OLAF。
1999年议会选举，欧洲人民党挤下社会党成为第一大党，罗马诺·普罗迪所率领的新任执委会成立反欺诈部门OLAF。在《阿姆斯特丹条约》赋予的新权力下，部分人士称普罗迪为“欧洲第一任首相”。1999年6月4日，哈维尔·索拉纳被任命为欧盟理事会秘书长兼共同外交与安全政策高级代表，它也被部分人视为欧洲第一任外交部长。 《尼斯条约》在2001年2月26日签订，隔年2月1日正式生效，开始起草欧盟宪法。《尼斯条约》在2004年扩张之前完成了最后的准备阶段。
2000年2月15日，欧盟开始与罗马尼亚、斯洛伐克、拉脱维亚、立陶宛、保加利亚和马耳他第二批6个入盟候选国正式举行入盟谈判。
2001年1月1日，希腊正式成为欧元区第12个成员国。
2002年1月1日，欧元正式流通。3月1日，欧元成为欧元区国家唯一法定货币。