杨崇伊的奏折主要指责维新派改旧法、逐老臣，而且想把日本的前首相伊藤博文请到中国当朝廷顾问。这就促使西太后从颐和园赶回紫禁城，抓捕康有为等维新派。袁世凯的告密，加剧和扩大了西太后的镇压行动。这样，维新变法不可避免地失败了。其原因主要有以下几个方面。
其一，守旧派势力强大，当时国家的最高领导权不在光绪皇帝手中，而为以西太后为首的王公、大臣所掌握。维新派只有少数几个人，没有实权。西太后最初曾指示“今宜专讲西学”，但是，当她感到变法触及到她自己的权力和清廷王公贵族的利益时，就动手遏制、镇压。
其二，维新派缺乏正确的理论指导。康有为的《新学伪经考》指责西汉的古文经书全系刘歆伪造，《孔子改制考》将孔子打扮为“改制立法”的祖师爷。两书都没有充分的、有说服力的证据，不用说守旧派反对，当时的一些开明人士也不赞成。此外，维新派某些激进的宣传也增加了社会阻力。
其三，维新派及光绪皇帝在实施变法上的某些冒进措施。变法一开始，光绪皇帝就因不满自己的老师、军机重臣翁同?的持重、顶撞，将其开缺回籍。大量裁减冗官，仅京师一地，涉及闲散衙门十多处，失去职务者近万人，但是又没有安排出路。因王照上书被阻而一下子罢免六个部长级大员，也操之过急，并且失之过重。