岂料好几次使臣东渡，要么因风浪巨大无法抵达，要么则因日本方面不作回应而不了了之，到后来，日本更直接拒绝忽必烈的使臣登陆，并明确声称不会向元朝纳贡称臣。忽必烈原本只是图一“虚名”，让所谓“海内之国无不臣服”的声名成为事实，并非真心想要日本的朝贡之礼;所以还一直耐着性子，按兵不动。多次遣使东渡，却屡遭拒绝之后，忽必烈忍无可忍，终于发兵日本了。
至元十一年(1274)十月三日，元军大小战舰900艘、28000名士兵、15000名水手等，在都元帅蒙古人忻都、左副元帅高丽人洪茶丘、右副元帅山东人刘复亨等的率领下进攻日本。高丽国王也派金方庆率领大军随同出征。这次战役以元军占领日本两岛后，又莫名奇妙地撤军而草草结束。至元十八年(1281)，元军再次东征日本，用兵达十万之众。而这一次则更为诡异，因为海上突起风暴，元军尚未登陆，已全军覆没。还有一种说法，则是称元军诸将不和，无法统令行军，最终不得不以全线撤军收场。这两次东征日本，元军撤军原因至今众说纷纭，无法确定。而白朴词中的“薏苡又何冤”，就正是认为元军东征日本之所以失败，源于诸将失和、群臣猜忌而致军心瓦解。
“薏苡”的典故，仍是出自汉代伏波将军马援的史事。《后汉书》卷二十四《马援传》称，马援征伐越南时，曾听说当地有一种“薏苡”的植物，其果实(即薏仁)可食用，有轻身健体的功效;服用后还可以避南方瘴气之害。于是归国途中，他便将这种植物的种子载了整整一车回来，以便在国内种植推广。可当时却有大臣向皇帝诬告，称马援载回国的车子里，曾经载有满满一车的珠宝。白朴词中的“薏苡又何冤”，正是以马援之冤代指元军内部的猜忌失和，也间接地暗示了元军东征日本失败之因。
此后，忽必烈虽还有东征之意，但因种种客观原因，及群臣谏劝，最终未能再举战事。元朝人大都认为，没有必要为此弹丸之国大兴讨伐之事;且元军只擅骑兵攻伐，并不擅海上征战。白朴曾作有《西江月》词一首，为之感叹道：“白石空销战骨，清泉不洗飞埃。五云多处望蓬莱，鞭石谁能过海。”