秦始皇在政治、经济上实行的改革，并不是一帆风顺的。还在统一之初，就在要不要分封诸子为王的问题上发生了一场争论。以丞相王绾为首的一批官吏，请求秦始皇将诸子分封于占领不久的燕、齐、楚故地为王。认为这样有利于巩固秦的统治。但廷尉李斯则坚持反对态度。认为，春秋战国诸侯之所以纷争，完全是西周分封制造成的恶果。只有废除分封制，才可免除祸乱。
秦始皇采纳了李斯的意见，认为立封国，就是树敌兵。于是在全国确立了郡县制。
事隔八年之后，到始皇三十四年(前213年)，在秦始皇于咸阳宫举行的宫廷大宴上，又发生了一场师古还是师今的争论。焚书之举正是由此引发的。在宴会上，仆射周青臣，面腴秦始皇，吹捧他自上古不及陛下威德.博士淳于越针对周青臣的腴词提出了恢复分封制的主张。他说：臣闻殷周之王千余岁，封子弟功臣，自为辅枝。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉?事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面腴，以重陛下之过，非忠臣。秦始皇听后不动声色，把淳于越的建议交给群臣讨论。丞相李斯明确表示不同意淳于越的观点。
他反驳说：三代之争，何可法也.儒生不师今而学古，道古以害今，如不加以禁止，则主势降乎上，党与成乎下，统一可能遭到破坏。为了别黑白而定一尊，树立君权的绝对权威，他向秦始皇提出焚毁古书的三条建议：
(1)除《秦纪》、医药、卜筮、农家经典、诸子和其他历史古籍，一律限期交官府销毁。令下三十日后不交的，处以鲸刑并罚苦役四年;
(2)谈论《诗》、《书》者处死，以古非今者灭族，官吏见知不举者，与同罪;
(3)有愿习法令者，以吏为师。秦始皇批准了李斯的建议。在宴会散后第二天，就在全国各地点燃了焚书之火。
不到30天时间，中国秦代以前的古典文献，都化为灰烬。留下来的只有皇家图书馆内的一套藏书。
在焚书的第二年，又发生了坑儒事件。坑儒不是焚书的直接继续，而是由于一些方士、儒生诽谤秦始皇引起的。秦始皇在攫取到巨大权力和享受到荣华富贵之后，十分怕死。在统一中国之后，他异想天开地要寻求长生不死药。方士侯生、卢生等人迎合其需要，答应为秦始皇找到这种药。按照秦律谎言不能兑现，或者所献之药无效验者，要处以死刑。侯生、卢生自知弄不到长生不死药，不但逃之夭夭，而且诽谤秦始皇天性刚戾自用，专任狱吏，事情无论大小，都由他一人决断，贪于权势等等。秦始皇听后，盛怒不可抑止，以妖言以乱黔首的罪名，下令进行追查，并亲自圈定460余人活埋于咸阳。这即是所谓的“坑儒”事件。
焚书事件
中国的春秋战国时期(公元前771年-前221年)由于社会逐渐进入青铜时代，中国的社会生产力得到了较大的发展，一些平民百姓逐渐从体力劳动中解放出来。
他们面对纷乱的社会状况，希望通过思索和钻研前人治世理念寻找到一条可以使社会安定，百姓不再流离失所的救世之路。于是产生了诸多的学派学说，并撰写出无数着作，史称诸子百家。
隋朝的牛弘提出“五厄”之说，论中国历代图书被焚毁，首当其冲即为秦始皇焚书，二是西汉末赤眉起义军入关，三是董卓移都，四是刘石乱华，五是魏师入郢。而刘大魁作《焚书辨》，烧秦宫室，火三月不灭”一句，宣称书是项羽焚烧的。但是汉朝无人就此指责项羽“焚书”，尽管他是刘邦的敌人。
坑儒事件
而在焚书开始的第二年，即公元前212年，秦始皇在当时秦首都咸阳将四百六十余名术士坑杀，即为所谓的“坑儒”。