朱元璋做皇帝治理国家三十一年。公元1398年，他以七十一岁高龄去世后，他意想不到的、自己的儿子与自己的孙子争夺皇位的惨祸发生了。
朱元璋共有二十六个儿子，长子朱标是皇太子，其他皇子被封为亲王，镇抚全国各地。如北平(今北京)的燕王、西安的秦王、太原的晋王等，地处边境，还拥有强大的武装力量，负有防御边疆的责任。
太子朱标最讨明太祖喜欢，但在公元1391年病死。朱标的儿子朱允被立为皇太孙，做皇位继承人。
但是，明太祖还健在时，朱允的那些手握重兵的叔叔们对侄儿就不太客气。朱允看得出来，便向师傅黄子澄请教对付的方法。黄子澄给他讲了历史上汉景帝削平藩王的事例，暗示将来可以运用皇帝权威，削弱他们的兵权。朱允记住了这个办法。
不过，其中潜伏的祸患，明眼人都看得出。有个训导(学校教官)借谈星象变化，上疏明太祖指出，亲王们势力过强，将引发政变，建议及早采取措施，消除隐患。但这一建议触怒了明太祖，上疏人被关进大狱而死。从此，吓得没有人再敢开口。明太祖也不是不知道事情的严重性，而是不愿过早削弱边境防卫力量，也不愿外人插手他的“家事”。他临死时，遗诏不许外地亲王来京参加葬礼，强调各地官吏必须听从朝廷的指挥，就有防止变乱的意思，但为时已晚。
朱允登基后，改元建文，史称明惠帝。他那些拥兵一方的叔叔们都不乐意他的统治，燕王尤其激烈。
燕王名棣(dì)，是太祖第四个儿子，从小在军中，又镇守北平二十多年，身经百战，既会打仗，兵力又最强大。
朱棣听到太祖去世，不顾禁令，强行到应天参加葬礼。走到半路，被建文帝派人阻止。
朱棣回到北平，异常愤怒。他一面与各亲王串连，对抗朝廷，一面招兵买马，吸纳人才，加紧练兵，壮大他的武装。
建文帝找到黄子澄，问对付的办法。黄子澄说：“请陛下放心，照当初我对陛下说的办就是了。”
黄子澄找大臣齐泰商议。齐泰要直接抓捕燕王。黄子澄说燕王势力大，不易下手。不如先逮捕其他亲王，削弱反抗势力，再抓他就会容易得多。两人统一了意见，并征得建文帝的同意。于是，周王等几家亲王首先被抓了起来。
为侦察燕王行动，黄子澄又向北平派出了忠于朝廷的高级官员，并调派重兵，加强防范。还在燕王府中安插内应，密切监视。
燕王为争取时间，装起疯来：满街乱跑乱叫，抢人家的酒吃，颠三倒四乱说话。又整天昏睡泥地，大热天里围炉烤火。
齐泰不信燕王真疯。他逮捕了一个燕王府军官，了解到燕王即将起兵造反，立即指派北平最高军政长官张、谢贵带重兵围住燕王府，说是逮捕府中图谋不轨的官员。同时密令北平都指挥张信逮捕燕王。
然而燕王接到张信告密，决心立即起兵。他假装答应交出府中密谋造反的官员，将张、谢贵二人引诱到府中杀死，清除了朝廷安置在他府中的内应，立即迅速占领整个北平，举起了反叛的大旗。
朱棣宣告，起兵是为了清除皇帝身边的奸贼，是“靖难”，也就是平定内乱。这次战争，被称为“靖难之役”，实质上是叔侄间争夺皇位的战争。
建文帝以朝廷的名义，调派军队对叛军实行征讨。朝廷军队(南军)依仗人数众多，财力丰厚，战争的初期，多占优势，几度打到北平城下。但燕军(北军)久经战斗，战斗力强，燕王自己又很会打仗，南军不但没有攻下北平，反而多次被打得大败，损失惨重，北军开始南下。
建文帝生性优柔寡断。燕王还未公开造反时，曾到应天朝见，态度傲慢，不肯跪拜。有大臣建议以此为借口，将他抓住，迁到江西南昌，将战争消灭在没有爆发之前。建文帝却说：“我们是至亲骨肉，不必追究。”放过了他。开战后，建文帝又嘱咐不要杀死燕王，不要让自己背上杀害叔父的罪名。这就大大捆绑住官兵的手脚，燕王几次濒临绝境，都因南军不敢直接伤害他而逃离险境。
双方在河北、山东、河南、江西、安徽之间来来回回，打了三年，互有胜败。
公元1402年，战争出现了转折。燕王大军南下，直扑应天。建文帝所重用的齐泰、黄子澄等人，忠心有余，韬略不足，此时，朝廷方面力量差不多耗尽，文武官员纷纷外逃，京城守备空虚。建文帝无可奈何，只得撤了齐泰、黄子澄的职，又答应将长江以北划给燕王，要求停战。但燕王不肯息兵。
南北军在安徽凤阳附近的齐眉山打了一场恶仗。北军一度坚持不住，想退兵。燕王激励说：“大决战的时候到了，诸军将士许进不许退!违令者斩!”
燕王又派兵袭击南军的粮道，彻底打败了南军。北军长驱直入，围困京城。
南军大将李景隆打开金川门投降。燕王进城直奔皇宫而去。可是，皇宫已经燃起熊熊烈火。
那火是建文帝放的。有人说，建文帝与他的后妃都跳进火中烧死了;有人说，建文帝在混乱之中换了服装，逃出了京城。总之，不见了他的踪迹。
朱棣终于夺得了皇位。第二年，改年号为永乐。他就是明成祖。
齐泰、黄子澄、方孝儒等大批帮助建文帝的大臣被逮捕，遭残酷处死，并诛灭九族，鲜血再一次溅洒应天城。