清朝虽然迁都北京，可是在全国大部分地区，它的势力还没有达到。所以，多尔衮下令向南方进军，以便彻底扫清明朝的残余势力，实现在全国的统治。
这时候，南方的形势也很紧张，农民起义军攻进北京和崇祯皇帝自杀的消息传到江南以后，引起了很大的震动。明朝的陪都南京，自然成了政治中心。在这里的文武官员们商议拥立新皇帝的事，不久，他们宣布由万历皇帝的孙子福王朱由崧即位做皇帝。
这个小朝廷拥有淮河下流和长江以南广大地区，掌握着五十万大军。实力还是相当雄厚的。可是，它一心一意要“报君父之仇”，不但不设法抵御清军，还派使臣携带黄金、白银和绸缎到北京酬谢清军入关杀“贼。”又从海上运大米和白银奖赏吴三桂借兵破“贼”。清朝收下礼品，派了一个大臣对福王使臣说：“我们发兵为你们报仇，你们不发一兵，反倒突然私下立了皇帝，是何道理?”福王使臣分辩说：“当今皇帝是万历皇帝的嫡孙，深受臣民的拥戴，现在正整练兵马，令我们前来邀请你们，共同发兵讨贼。”清朝大臣听罢哈哈大笑，说：“不用邀请了，我们已经发兵下江南了，你们还是早降顺我们大清朝吧!”
清军已经南下，可是福王政权还在那里闹内讧呢!大学士马士英仗着拥立福王的功劳，把持朝政。他重用臭名远扬的阉党(明朝依附于太监的官僚集团)恶棍阮大铖，大卖官爵，搜刮民财。即便是目不识丁的人，只要有钱，就要以买个官爵，在大街上招摇撞骗，骚扰百姓。老百姓恨透了马士英，就连三尺童子，都站在街上唱：
职方贱如狗，都督满街走;
扫尽江南钱，填塞马家口。
镇守武昌的总兵官左良玉痛恨马士英贪赃枉法，就率兵沿长江东下讨伐马士英，提出要“清君侧”。这时候，清朝大将多铎已经率兵逼近扬州了，马士英却让镇守扬州的大学士史可法从前线调兵抵挡左良玉。史可法派人劝福王说：“左良玉并不敢与朝廷为难，可清失一来，国家就要灭亡了。”
福王也对马士英说：“左良玉虽然不该进逼南京，但我看他的奏章，不是要造反。现在还是守淮南要紧。”马士英两眼一瞪，大声呵斥说：“清兵来，还好商量议和;左良玉来，他们做大官，咱们君臣还能活吗?以后谁再敢说守扬州，斩首不赦。”福王吓得也不敢再开口了。
其实福王更是一个只知道吃喝玩乐的昏君。形势已经这样危急了，他还下令选美女，派出许多士兵手持棍棒，闯入民宅，只要见到年轻妇女，不由分说，拿黄纸贴在额头上，拉着就走。他派人到苏州和杭州去挑选妃子，那里的老百姓说了，连夜嫁姑娘娶媳妇，全城的人都好像着了疯魔一样。南京城的新宫殿兴宁宫落成了，福王命大臣写楹联(挂在楹上的对联。楹，只屋子前部的柱子)供他挑选。有个大臣投他所好，写了一副楹联，上联是“万事不如杯在手”，下联是“人生几见月当头”。福王对这副宣扬吃喝玩乐的楹联十分满意，马上命人挂了上去。
顺治二年(公元一六四五年)四月，清军攻到了离扬州城只有三十里的地方。正在抵挡左良玉进攻的史可法得到消息，心急如焚，连标兵都带不及带，只率领几个仆从，骑上快马，连夜赶回了扬州。
史可法是个为人正直、做官廉洁的人。率兵打仗，他总是和士兵们同甘共苦，士兵们没吃饱他不肯先吃饭，士兵们没有御寒的衣服他也决不先穿。
所以，他的威信很高，福王政权建立以后，马士英忌恨史可法的威望，便怂恿福王把他派到扬州督师。当时，多尔衮也想借助史可法的声望平定江南，一再写信劝他降清。史可法断然拒绝，他在回信中说：“我已决心为国鞠躬尽瘁，对于你的招降，我是无论如何不能听从的。”
这一次，史可法赶回扬州，马上派人四处调兵。可是各镇将领都拥兵观望，拒不听命。只有总兵刘肇基率领两千人来到扬州救援。史可法见兵力太弱，无法迎击清军，就命令刘肇基将部队开入城内，紧闭城门，准备守城。