康熙帝在解决东北边疆沙俄侵扰和西北噶尔丹叛乱的同时，还有条不紊地把东南沿海和台湾岛收归了版图。 郑成功到台湾后不久，就生病去世了。他的儿子郑经率领郑氏部属，在台湾和福建沿海一带活动，仍然沿用明朝年号，坚持反清复明。但是，在清朝已经稳固统治了大陆的情况下，恢复明朝是根本不可能的。公元1681年，康熙帝任命施琅为福建水师提督，筹划攻台。施琅(1621～1696)是福建晋江人，他以擅长海战著称，曾随郑成功起兵抗清，后投降清朝。这次出征，是施琅梦寐以求的愿望，他到了福建后，就布置打造战船，操练水师。
康熙二十二年(1683)六月，施琅率领水师山发了。台湾郑氏早已听到风声，派久惯海战的大将刘国轩坐镇澎湖。刘国轩修建炮城，排列战舰，准备迎战。十六日，清军船队集齐，两军开始交战。施琅一马当先，首先驾船冲入敌阵。郑军气势强盛，各营镇战船争先恐后，围绕清军战船猛攻，施琅被流弹击中受伤。清军船只多，挤在一起，难以发挥威力。初战受挫，施琅传令各船将士不许卸甲，严阵以待。二十二日清晨，清军誓师出战。施琅将船分为8队，每队7只，他自己统领一队，居中调度。又派80只船为后援，50只船在东侧截敌后路，50只船在西侧作为疑兵进行牵制。两军相遇后，炮如雨下，烟气蔽天。在清军的奋力冲杀下，郑军渐渐不支，将士丧失了十分之七八。刘国轩知道大势已去，不敢再战，急忙率领残兵败将，退回台湾岛。
台湾一些郑军将领听说清军来势凶猛，纷纷派人与施琅接洽，里应外合，协助清军。清军兵不血刃，占领了台湾本岛。清军占领台湾的消息传到京师，康熙帝大喜，封施琅为靖海侯。当时，朝廷上有些人以为大功告成，主张放弃台湾不管。施琅坚决反对，上疏力争，提出台湾土地肥沃，物产丰富，是保卫东南沿海的天然屏障，一旦放弃，必然重被荷兰人占据。 康熙帝完全赞同他的主张，下令设立台湾府，下属3县，归福建省管辖。
从此，台湾正式隶属中央政府，列入了清朝版图。这对于维护国家统一，反对外来侵略有着重要意义。施琅后来也一直被清朝重用。