查士丁尼瘟疫，指的是发生在拜占庭皇帝查士丁尼在位期间发生的瘟疫，因此被称为“查士丁尼瘟疫”，与之后的黑死病瘟疫做以区分对待。查士丁尼瘟疫发生的时间是公元五百四十一年，发生区域为地中海地区。他是世界范围内发生的第一次大规模鼠疫，加速了拜占庭帝国地衰败进程。瘟疫发生时出现了很多人们认为诡异恐怖的状况，两个正在互相交谈的人，突然间身体摇摆，倒在了地上。人们在买东西的时候，也会感受到死亡不期而至的压抑。鼠疫感染的地区和街头，贫苦流浪人员最先受到死亡威胁。由于没有很好的应急免疫处理方案，拜占庭帝国在瘟疫来临时无比慌乱，社会经济急剧动荡。
查士丁尼简介中有大量关于当时社会状况的写实画，由于死亡人数太多，甚至已经找不到足够埋葬的地方，有的尸体就堆在大街上，整个城市飘散着尸臭味。从查士丁尼瘟疫简介中，我们看到不仅仅是百姓，达官贵族，甚至是查士丁尼皇帝也遭到了瘟疫的感染。因为恐惧，他重金招聘工人建筑埋葬尸体的大墓来阻止疫情扩散，无论男女老少，贫富贵贱，最终都是叠叠层层的埋在一起。查士丁尼瘟疫蔓延了半个世纪，这次瘟疫粉碎了查士丁尼扩张的雄心，也让东罗马帝国走向衰亡。
查士丁尼瘟疫是鼠疫和跳瘙带来的细菌引发的，最初发源地在何处已经很难界定，但是关于查士丁尼瘟疫的引发原因却没有什么争议，在现在科学看来很容易防治的细菌扩散，在科技并不发达的年代却葬送了一个帝国的前程。查士丁尼瘟疫是由于从肯尼亚乌干达等地带来的鼠疫引起的，人们按照现代疾病的起源地角度分析出了查士丁尼瘟疫的起源地，顺着尼罗河从中非到北非。查士丁尼瘟疫的状况和引发原因都和“黑死病”类似，因此我们可以推断，两者都是起源于中非大草原热带地区动物细菌和病变。
关于查士丁尼的引发原因，还有另外一种说法，发病根源同样是鼠疫，但是传播渠道不同。即促使瘟疫引发跟“海上丝绸之路”的开辟有关系。波斯人强大来之后霸占了路上丝绸之路，为了恢复东西方之间的贸易，东罗马帝国与东方交流开始转战海上。线路是从印度东部出发，绕过印度半岛，在这里，引发查士丁尼瘟疫的跳蚤和老鼠遇到了埃塞俄比亚人。埃塞俄比亚是天生的中介商，他们将印度、中国带来的香料瓷器转销到罗马帝国和非洲地区。在埃塞俄比亚收获黄金的同时，怎么也不会想到自己成了跳蚤和鼠疫的“搭载器”，最终引起了查士丁尼大型瘟疫。东罗马帝国虽然庞大，但是排水系统和地下管网混乱，让这场瘟疫的延续范围更广。
查士丁尼瘟疫的直接影响就是导致了拜占庭帝国和中海岸地区人口锐减，不仅改变了中世纪的人口结构，也改变了人口分布图，在查士丁尼瘟疫中死亡的人数将近四十五万人，相当于庞大的东罗马帝国三分之一的人口，有的城市甚至无一生还。查士丁尼瘟疫导致了拜占庭帝国经济结构的变化，严重的通货膨胀和农业荒废引起的饥荒遍布整个帝国。关系到帝国命脉的经济作物也产量骤减，由瘟疫发生时，很多农民都死亡，导致农作物无人收货，城市农村几乎没有人烟，农村的粮食源头断了，城市的粮食链条自然断裂，手工业停滞，物价飞涨，虽然拜占庭帝国发布了限制物价上涨的法令，但是物资短缺却没法缓解。
查士丁尼瘟疫的影响还体现在社会矛盾尖锐，人口死亡带来的是劳动力的流失，国家财政税收没有办法收上来，福利事业就没法进行，很多医护人员的死亡率居高不下。虽然在一开始查士丁尼命令赈灾，但是国库很快就空虚了，迫不得已之下开始缩减教师和医生的薪酬，伴随的税收仍然不变，人们负担变重，让统治阶级的离心力加速。查士丁尼瘟疫的影响同样体现到了军队上，大量拜占庭士兵的死亡导致作战计划几乎没法实施，到了后期严重的时候，敌方也被瘟疫感染。为了扩充军队人员，拜占庭帝国吸收外来人员到军队，但是忠诚度就很保证，军事实力迅速下滑。