公元1856年，中国爆发了第二次鸦片战争，八国联军向清廷的首都北京逼近。咸丰皇帝带着慈安和慈禧逃亡热河，此行，肃顺也在其中。而他们没有想到的是，此次热河之行，竟成了咸丰和肃顺的死因。1861年，咸丰皇帝在热河得了重病，眼看不治，他就把肃顺、载垣、端华等人召到跟前，任命他们为顾命大臣，辅佐小皇帝的执政。不久，咸丰病逝。这个时候，野心勃勃的慈禧被封为了太后，她迫切地想要夺取最高权力，所以在这个过程中，她和咸丰任命的“顾命八大臣”产生了尖锐的矛盾，双方势力水火不容。但是慈禧只不过是一个后宫的太后，想要扳倒先帝任命的大臣，实属不易。所以在这个时候，她想到了恭亲王奕䜣。奕䜣在咸丰皇帝离开北京前，被任命为留守，在北京处理和八国联军之间的关系。但是他的权力也被顾命大臣们威胁，急着想要除掉他们。就这样，两个人一拍即合。同时，慈禧还联络了僧格林沁和文祥，进一步加强了她的势力。八国联军退出北京，慈禧就提出要护送咸丰皇帝的灵柩返回北京，让小皇帝同治在北京登基。肃顺没有拒绝的理由，就只好同意。大队人马走到一般的时候，慈禧又提出皇帝年幼，不堪旅途疲惫，走小路赶往北京。
慈禧比肃顺等人提前四天到达北京，她趁肃顺护送先帝灵柩的队伍还没有到达时候，立即发动政变，率先逮捕了顾命大臣的载垣和端华。然后又派兵去捉拿肃顺。当时，肃顺的队伍正好行进到密云，就被慈禧太后派来的军队逮捕。不久，肃顺就被冠以谋反罪，在菜市口被斩首。肃顺死的时候，年仅四十五岁。肃顺之死，沉重地打击了咸丰顾命大臣们的势力，从而使得慈禧开始登上了权力的巅峰。
由于咸丰皇帝的突然驾崩，让年仅六岁的同治皇帝继承大统。新皇帝年幼，自然不可能亲理政务，所以大权就落在咸丰委托的“顾命八大臣”的手里。但是另一方面，被封为太后的慈禧也想着垂帘听政，所以和顾命八大臣之间的矛盾不可避免。公元1861年，慈禧太后联合恭亲王奕䜣发动“辛酉政变”，在短短的六天时间里，铲除了顾命八大臣。八大臣之首肃顺被逮捕，不久就被扣上了谋反的罪名，押赴菜市口斩首。同时八大臣之中的载垣、端华也被迫自杀在宗人府里。
那么肃顺死后，他的后人何在呢?在史料中，我们并无法找到他的后人的去处，甚至连名字都没有记载。但是我们可以来进行一番推论。首先，肃顺是和硕郑亲王济尔哈朗的后代。清初，努尔哈赤设立铁帽子王的爵位，世袭罔替。也就是说，其实肃顺和当时的咸丰皇帝、同治皇帝在一定程度上是亲戚，也就是宗室。虽然，肃顺并没有继承铁帽子王的爵位，但好歹也是姓爱新觉罗的。所以纵使在肃顺被杀后，他的后代应该也不至于一起被杀。众所周知，慈禧太后是心狠手辣闻名的，对于像肃顺这样的政治对手，她又怎么可能让他的后代继续在朝廷中当官呢?那明显是不太可能的。而且试想一下，古时候谋反是多大的罪?就算家族、后人没有被株连，肯定也没有什么好果子吃。所以，肃顺的后代，可能在这次政变中有幸存活下来，但有很大可能也是被慈禧发配充军或者流放了。在史料中找不到任何关于肃顺后代的资料，想必济尔哈朗这一脉的后代，已经消失在滚滚的历史烟尘中了。