方伯谦与邓世昌都是清末的海军将领，都参加过甲午中日海战，方伯谦与邓世昌也都是因为甲午海战而死，但是死因不尽相同。方伯谦在黄海海战的丰岛战役中因为没有作战经验，看到有清军军舰被日军重创、自毁，害怕自己的济远号也遭受同样的结局而畏战逃跑，在逃跑的途中遭到了日军的追击，虽然用升白旗诈降的手段用尾炮把日军的军舰重创击退，但是丁汝昌向朝廷禀报的是方伯谦畏战逃跑，应该受军罚，而遭到了清朝的处斩。有人认为方伯谦是冤死的，觉得丰岛战役的那次海战失败的根本原因是丁汝昌和刘步蟾的指挥不当。而方伯谦是其中的参与者，知道他们的信息，方伯谦尾炮退敌的事迹却是清军在这场海战中少见的亮点，丁汝昌、刘步蟾把过错推给方伯谦，致使方伯谦被处斩，也做到了杀人灭口的效果。
邓世昌的死就比方伯谦悲壮许多，邓世昌在黄海海战的大东沟海战中身亡。1894年致远舰在邓世昌的指挥下与日寇英勇作战，但是在日军军舰的围攻下，船体倾斜即将被击沉，邓世昌没有撤退的想法，决定与敌军同归于尽，全力驾驶致远舰向日军军舰撞去，不幸的是致远舰在冲撞途中被鱼雷击中，并且被击沉。邓世昌本有逃跑的机会，但是他没有逃跑而是与致远舰同生共死，与致远舰的250余名官兵一起淹没在海中，英勇殉国。以上便是方伯谦与邓世昌的关系了。
据史料记载，方伯谦在甲午海战中做了逃兵被朝廷处斩，有人觉得这并不是甲午海战真实方伯谦，大多数人觉得方伯谦是冤死的。据方伯谦妻子说的甲午海战真实方伯谦是这样的：在甲午海战的丰岛战役中，方伯谦看到清军广乙舰损坏严重自毁后，与日寇英勇作战，并非怯战逃跑，而是以一敌三大战了很久才不敌日军开始撤退，在撤退途中还遭到日寇的追击，方伯谦利用升白旗诈降的手段使敌军放松警惕，利用敌方注意力松懈的时候用尾炮轰炸敌军，放出四炮，有三炮命中重创敌军并且将敌军击退，造就了尾炮退敌的经典胜利。尾炮退敌的事迹也是这次失败的海战中为数不多的闪光点，这才是甲午海战真是方伯谦。这场海战失败的关键因素是指挥官丁汝昌和刘步蟾的错误指挥，方伯谦是见证他们指挥的将领，丁汝昌和刘步蟾决定将失败的原因推卸给方伯谦，所以上报给朝廷的信息是方伯谦在看到广乙号自毁之后，自身没有作战经验害怕战斗，临阵逃离战场，对尾炮退敌的不争事实也把功劳归到了济远号的水手身上，没有提到方伯谦的功劳，以公报私仇的手段让朝廷处死方伯谦，起到了杀人灭口的作用。史学家称如果方伯谦妻子的话属实，那么甲午海战真实方伯谦就是我们的民族英雄，而不是畏战的逃兵。
方伯谦血衣是一个迷，对于方伯谦血衣的来历，史料中颇有记载。在《冤海述闻》中记载到方伯谦血衣是一件被沈寿昌的脑血所沾的军衣，之后的记载中还提到了方伯谦血衣的下落。据说方伯谦血衣现存在于一座军用仓库中，但是具体在哪个仓库中并没有记载。人们在方伯谦的侄孙女美籍华人方俪祥的口述中了解到，方伯谦是济远号的管带，在甲午中日海战中作战英勇，并且以一敌三，曾在撤退途中被日军军舰追击，机智的挂白旗诈降，用尾炮重创日军，当时朝廷曾经因此奖赏方伯谦，但之后李鸿章、刘步蟾、丁汝昌想要把海战失败罪过推到方伯谦身上，公报私仇、杀方伯谦灭口。
在一次端午节后晒衣服时，她看到了一件沾有血污的衣服，也就是方伯谦血衣，是方伯谦的军衣，沾的是沈寿昌的脑血，当时是方伯谦的妻子跟她说害死方伯谦的人就是刘步蟾。方伯谦的妻子每年都将这件血衣晒霉，有人问过方伯谦的妻子，说这事被处斩时留下的还是战衣，方伯谦妻子说是战衣，也说明这是当时战斗中被血染的，说明方伯谦不是怕死逃跑之人，后来方伯谦血衣在文革期间被红卫兵收走，下落不明，或许被红卫兵毁掉了，或许被存在哪个不知道的仓库里。经过史学家多次调查，可以证明方伯谦血衣上的血是来自于战场而不是方伯谦被砍头是留下的。现在无法找到方伯谦血衣的下落，史学家们非常遗憾。关于方伯谦怎么死的这个问题，史料中有着不同的记载，有人觉得方伯谦临阵逃跑，罪有应得。有人觉得方伯谦并不是怕死的人，是冤枉致死。方伯谦的家人也表示方伯谦是冤死的。史料中对方伯谦怎么死的这个问题是这样记载的：因为方伯谦在黄海海战中，身为济远号的管带还没有战斗就畏惧日军逃跑，虽然在逃跑途中遇到日军军舰，并且利用诈降的方法用尾炮重创了日军军舰，但是丁汝昌却把这些功劳都归结到了水手的身上，并向朝廷禀报了方伯谦逃跑的行为，方伯谦也因此被朝廷处斩。所以方伯谦死因是因畏战逃跑而被朝廷处死。
方伯谦侄孙女的讲述中也曾提到方伯谦怎么死的这个问题，现在的美籍华人方俪祥曾经说：方伯谦并不是一个怕死逃跑的人，在那次海战中方伯谦英勇作战，在海战中以一敌三最终不敌而撤退，在撤退途中遭到日本军舰的追击，并使用诈降的手段用尾炮趁敌军放松警惕的时候重创敌舰并击退敌军，这次尾炮退敌的事件也是这次海战中的一大亮点。但是丁汝昌并没有把这个功劳给方伯谦，而是觉得这次成功是因为水手良好的操作，这次海战中丁汝昌错误的指挥直接导致了海战的失败，丁汝昌和刘步蟾把这次海战失败的原因全部推到方伯谦身上，认为方伯谦不战而逃是失败的根本原因。朝廷相信丁汝昌的一面之词，使得方伯谦身首异处。