明崇祯十七年(公元1644年)三月十九日，李自成率领的农民起义军攻陷了明朝统治下的北京，崇祯在煤山自缢，明山海关总兵吴三桂在增援途中闻讯后，仓皇逃回山海关。李自成亲率大军开赴山海关，想以武力逼降吴三桂，吴三桂非常害怕，便向清朝求援。当李、吴两军在山海关前展开血战之时，清朝的精骑突然杀出，农民军毫无防备，惨败而归，从此一蹶不振。由于史书中的种种记载，史学界一直瞩目吴三桂引清军入关镇压农民起义这一事件，人们一直认为吴三桂此举便是投降了清朝。但近年有人认为，吴三桂引清军入关并不是表明他投降了清朝，并提出了种种证据。这一说法使似乎让本已盖棺定论的问题重又成为历史谜团。
至少还有两点理由可以说明吴三桂投降了清朝：第一，清朝最高统治者视吴三桂为降将，如清摄政王多尔衮就把吴三桂作为部下来驱使，“命三桂兵各白布系肩为号”，“命三桂军先锋”，又“命吴三桂以步骑二万前驱追贼”。
清廷为了奖励吴三桂在战争中的功劳，还“授三桂平西王勒印”(《圣武记》)。后来清帝剥除吴三桂爵位时，也把他称为降将：“逆贼吴三桂穷蹙来归，我世祖章皇帝念其输未投降，授之军旅。”(《清圣祖仁皇帝实录》)在清朝廷的眼中，吴三桂就是一个明朝降将。第二，吴三桂入关后的所作所为也表明他已真心降清，吴三桂打着为明王朝复仇的旗号引清入关，但是在南明政权的福王多次派人拉拢吴三桂时，吴三桂却断然拒绝。
如当福王的侍郎左懋第“谒三桂，出银币且致福藩意”时，吴三桂说“时势如此，我何敢受赐，惟有闭门束甲以俟后命耳”(《明季稗史汇编》)。除了福王之外，还有几任南明王，吴三桂都不曾表示要协同反清复明，与此相反，他竟然亲自出兵缅甸追杀南明永历王。
可以看出，不管当初引清兵入关时吴三桂是怎么想的，在清兵入关后，他就投降了清朝，此时，他已经不敢违抗清廷的命令，更不敢有任何反清复明的想法了。为了向清王朝表示他的忠心，他“破流贼，定陕，定川、定滇，取南明王于缅甸，又平水西土司安氏”(《圣武记》)，俨然成为清廷平定天下的一把利刃。
否认吴三桂“降清”的人则认为，北京失守后，形成了三股较强的政治势力并存的局面，即吴三桂、农民军、清王朝。而夹在这两股势力中间的吴三桂势力最弱，因此他能走的路只有两条：要么抗清，要么镇压农民军，考虑到其父亲被农民军扣押、爱妾受辱，为报此仇，吴三桂选择了联合清朝的道路，但这并不能说明他投降清朝。主要理由如下：
第一，吴三桂一贯抗清的态度决定了他不会轻易降清。在任辽东宁远总兵期间，吴三桂曾多次参加抗清斗争，甚至在明清松锦战役后，明军明显处于下风的情况下，他的态度仍很坚决。吴三桂对明朝降清的劝降函都“答书不从”。
第二，多尔衮在山海关战后加强了对吴三桂的控制可以证明吴三桂未降。史载，多尔衮在山海关之战胜利的当天，玩弄权术，封吴三桂为平西王，又将一万步兵交给吴三桂。这说明吴三桂受到了多尔衮的拉拢和控制。
第三，山海关战后发表的檄文证明其未降。清军与吴三桂乘胜追击，吴三桂提出了“周命未改，汉德可恩”、“试看赤县之归心，仍是朱家之正统”的口号，如吴三桂已降，也不会发布这样的檄文，清廷也不会允许他这样做。
第四，在山海关一役后，在攻陷北京前后吴三桂欲立朱明太子的行动证明其未降。李自成败退永平，吴三桂提出“约自成回军，速离京城，吾将奉太子即位”，又“传帖至今，言义兵不日入城，凡我臣民为先帝服丧，整备迎候东宫”，可是“多尔衮命其西行追贼”的策略打乱了吴三桂的如意算盘。吴三桂因其势力太弱，只得听从了多尔衮。
第五，暗中积蓄实力以反清复明也可证明吴三桂未降。他一边广招贤才，暗布党羽，“阴养天下骁健，收忍荆楚奇才”，一边厉兵秣马，为将来的战争“殖货财”。他之所以没有实现反清复明的愿望，是因为清政治统治的日渐强大使“反清复明”的旗帜没有了号召力。而吴三桂是否降清这一历史问题已不能用后来的历史进程说明了。