万历十年六月二十日(新历7月9日)，张居正病逝，撒手人寰。死后，神宗为之辍朝，赠上柱国，谥“文忠”。他带着平生的抱负埋入了江陵的墓地。张居正一切的改革着已于地主阶级的长远利益，因而不得不在某些方面损害一些官僚、大地主的利益。他死后，有些人就开始了肆意的报复和攻击。而神宗呢? 居正在位时，他不是一直尊其为师吗?那是出于需要与无奈。他早已耿耿于居正的震主之威。作为一个声名显赫的历史文化名人，辅佐年幼的万历皇帝十多年，一人之下万人之上的内阁首府。万历皇帝为何恨毒张居正?一代名相与李太后之间真的有暧昧?
我们都知道，明朝出现的皇帝各个身上都带有按现在说就是”奇葩“的事，而在一系列奇葩的事情之中，万历皇帝无疑是最为有趣的皇帝之一，他的一生可以既可以说糊涂着(做了28年的皇帝除登基外，几乎不上朝，天天吃喝玩乐，但最意外的是一个皇帝不上朝的国家，竟然风调雨顺，国泰民安。)，又可以说别扭着(想要废掉自己不喜欢的长子，改立自己喜欢的郑贵妃的儿子，结果和大臣展开了数年的斗争，不过不管怎么打怎么吵，太子就是不能换，最后老娘一句”汝为宫婢之子“彻底把万历打趴)，不过不管怎么说，张居正对万历皇帝的一生都是产生了强大的影响力的。
童年时候的万历皇帝朱翊钧，是个极其早慧的孩子。他被立为太子，是在隆庆二年(1568年)，而他的母亲李氏，并非朱载垕的正房，他做太子后，后宫之主是没有子嗣的陈皇后。而后随着万历正式登记，在经历为隆庆皇帝的两位遗孀上尊号时，由于陈皇后是正式所以当然的升为皇太后，但万历的亲母李贵妃作为皇上的生母，按理说也可以进封皇太后的。但是，为了显示两个皇太后的差别，则应在陈皇太后前边加两个字的尊号。但在冯保与张居正商量:鉴于李贵妃担负着小皇上的监护作用，两宫太后不应该有差别，都应加两个字尊号。虽然，这件事在礼部实施过程中遭到一些官员的反对，但因张居正的强力支持，最终获得通过。陈皇后的尊号是仁圣皇太后，李贵妃是慈圣皇太后。从此，两宫太后遂无差别。而这一手段也为李太后进入朝廷内部最好了位置基础。
不过不管怎么说，一个28岁的女人，一个10岁的孩子，如何才能运行好朝政呢?这下张居正就进入了他们的眼前。短短的一个月时间，李贵妃换掉了内相外相，冯保与张居正联袂登场，从而拉开了万历新政的序幕。而正是这一序幕的拉开，也将李太后与张居正紧紧的拉在了一起。
李太后对待自己的儿子万历皇帝，管教极严，儿子登基的头几年，她将国事托付给张居正，而让儿子以读书为主。皇帝读书，叫出经筵。张居正亲自给万历皇帝挑选了六位讲臣。每逢在文华殿听讲归来，李太后便邀来陈太后，让儿子将听讲的内容复述一遍。小皇上讲完了，李太后就问陪皇上听讲的冯保，皇上讲的是否有错漏。如果全部都讲对，就给予褒奖;如果有错漏，就给予惩处。有好几次，小皇上因为逃学而被罚长跪。
但随着万历的成长，万历大婚后李太后就不在时刻管理万历的言行，但就在万历如释重负后，一日他叫来两位宫女要他们唱时令新曲。而所谓时令新曲，类似于今天的流行歌曲，但在明朝时它就是艳曲。两位宫女不会唱结果万历就要将二人斩首，幸好身边的侍从阻拦才没有，但是隔天李太后就知道了，知道后大怒，直接跑到奉先殿祭告亡夫，竟然作出撤销万历皇帝的九五至尊地位的决定，改让潞王继承皇位。万历吓得三魂出窍，六魄离身。他跑到李太后面前长跪不起，乞求得到宽恕，并保证悔过自新。李太后在陈太后的一再劝说下，终于松了口气，但仍坚持说:“能不能留你，要看张先生的态度。”张居正在李太后的授意下，写了一道劝诫皇上“慎起居”的奏疏。《明史·李太后传》中说张居正“具疏切谏”，过几天，张居正又遵李太后的懿旨，替万历皇帝代草“罪己诏”颁示天下，此场风波才告平息。而正是这件事后万历对张居正深为倚赖，信任有加;但在内心中深处更潜藏了一份不满，而这不满的就来自张居正与李太后之间。
而如何看穿这一份暧昧呢?答案就在李太后的贴身侍女徐氏身上。徐氏也就是一个大字不识的村妇，可是，张居正这个一向标榜赏罚分明并以此作为其执政理念的人物，却对这样一个村妇侍女关照有加。第一，他封(当然是以皇帝的名义)这个村妇为佑圣夫人。别小看“夫人”这个称呼，在那个年代，对一个女人来说，除了沾丈夫的光获得什么夫人的封号，极少有女人有此殊荣!这比男人获得公侯的封爵还要难。更有甚者，张居正还亲自安排，破格升任徐氏的儿子担任锦衣卫的指挥佥事!要知道如果仅仅为了搞好和李太后的政治关系(本来就不错)，或者讨好李太后，有必要如此吗?至少，没有必要如此过份吧?而在这一切的背后肯定是有着什么不可告人的秘密的。
而正是这么一点点的小火星，在张居正的政敌面前就是一场大火，随后万历皇帝新仇旧恨加在一起就抄了张居正的家，并且有些恨不得让张居正遗臭万年，跺着脚骂张居正，但不管怎么否认;从现实来看，最起码有一个地方实际上是想否也否不掉，那就是张居正死后给明帝国留下的可观家底：存粮可支10年只用;太仓库存银600万两;太仆寺存银400万两;国库存银共计1000万两。——而且这个还是明朝历史中的最高纪录;而自从张居正死后，李太后再也没有过问政治。她的儿子朱翊钧迅速变坏，乃至40年不上朝。奇怪的是，李太后也没有作出任何指责。她的态度为何有180度的大转弯呢?这里头大概有两重原因:第一是儿子大了，她再也无法管教;第二是张居正过早去世，她失去了可以信赖的后援而心情沮丧。而至于张居正与李太后之间的暧昧是真是假都随着大明王朝的衰落而无影无踪了。
张居正把持朝政多年，有些事情无论对错没有按万历皇帝自己的意志来行使，皇权是一直在强化，在这种体制下没有一个皇帝容许相权凌驾皇权，这不是是非问题也不是国家问题，是统治集团内部的权力问题，因此万历皇帝自然恨张居正。