说到忽必烈，元世祖是他的汉人庙号，而蒙古语尊号为“薛禅可汗”。蒙语薛禅，汉义为“贤明”、“圣德”。综述他一生的功绩作为不负这个评价，唯独统治后期重“理财聚敛”致阿合马专权二十年。
“薛禅可汗”忽必烈人生中的两次重大挫折
1251年，蒙哥登上蒙古汗位，便委任忽必烈总领漠南军国重事。忽必烈总领漠南期间，征大理、治邢州京兆，均取得了很好的成效，在汉人士大夫中也获得了颇多赞誉。但蒙古守旧贵族对忽必烈行汉法很不满意，以致蒙哥汗也对他猜忌日深。蒙哥汗本身就是个专断且个性很鲜明的人，喜欢占卜，自称“遵祖宗之法，不蹈袭他国所为”对汉法较为不屑，存在很多隔膜。
他性格偏执倔强，开始对忽必烈在漠南行汉法有成效颇得人心，萌生猜忌。对“王府(忽必烈)得中土心”甚为不满，觉得二弟忽必烈不太可靠。大汗廷臣中守旧臣僚指责罪状两条：一为中土地方臣民都翕然归心，称忽必烈为“贤王”，受到拥戴;另一条为“王府诸臣擅权为奸利事”，许多做法超出了之前“唯掌军事”的许诺。如此，忽必烈总领漠南军国重事后期，开始一桩大麻烦。
“阿蓝答钩考”成了忽必烈政治生涯中的第一次重大挫折。1257年，蒙哥汗派遣亲信大臣阿蓝答尔和刘太平，南下钩考京兆、河南财赋，类似今天所说的财税审计，阿蓝答钩考搞得非常严酷，实际上是蒙哥汗对忽必烈总领漠南的一次大整饬。与钩考钱谷同时，撤销了忽必烈王府设置的经略司、宣抚司之类机构，相当于削除忽必烈之兵权。
元 苏天爵《元朝名臣事略》记载：
丁巳，丞相阿蓝答儿会计陕西、河南，罢宣抚司，公还东平。…..岁丁巳，宗亲间之，遂解兵柄它王，遣阿蓝答儿至京兆，大集汴、蜀兵民之官，下及管库征商之吏，皆入计局，为条百四十二，文致多方，且晓众曰：“惟刘万户、史万户两人罪请于朝。”盖谓忠顺公、丞相忠武公也，自余我则专杀。虐焰熏天，多迫人于死。明年，世祖身至帝所，命下而事始缓，犹杖兵民诸官，凡昔所置诸司皆废。
忽必烈麾下的大部分官员都难逃灾祸，如廉希宪、赵良弼、李德辉等人，都受到追查。京兆路的榷课所官员马亨，在押解财赋的路上，有意回避阿蓝答儿，还是被逮捕，押送钩考局审问。仅有两人受到豁免，没在拘押之列。在蒙哥的步步进逼下形势下，忽必烈无可奈何，只得退让，接受谋士姚枢的建议用王妃为人质，亲去漠北觐见蒙哥。
蒙哥汗听说他带着家属亲信随从，反而怀疑他另有所图。直到忽必烈再遣使说明，蒙哥汗才命令他留下所有家眷随从，只身来觐见，忽必烈遵命而行。蒙哥汗见弟遵从命令，只身前来，转怒为喜。朝会之后，蒙哥汗态度开始缓和，两次亲自为忽必烈斟酒。忽必烈也很恭敬，行君臣之礼。于是兄弟二人逐渐和好。史载“又酌之三至，帝泫然，上亦泣下，竟不令有所白而止。”不待忽必烈解释蒙哥汗就下令停止钩考，但还是撤销了忽必烈设置的经略司、宣抚司、行部等机构。
这次钩考以忽必烈的妥协退让而暂时结束。忽必烈总领漠南军事权被剥夺，后借口忽必烈脚疾，让他回漠北养病。后，1258年蒙哥汗三路大军征宋，东路军失利，忽必烈复出。
另一重大的挫折则是在忽必烈晚年，最宠爱的察必皇后与皇太子的相继去世。至元十八年(1281)察必皇后去世。五年后，至元二十二年，皇太子真金英年早逝。依存在不多的史料来看察必皇后是为“贤后”，禀性聪明，元初是忽必烈的左右助手。
皇储真金，是忽必烈亲自选定的继承人，并悉心培养。至元二十二年(1285)忽必烈因察必去世，无心政事，大臣多难与其相见，南必皇后开始干预朝政。当时有一江南行台御史上疏朝廷禅位于皇太子，并请南必皇后勿再干政。此事被阿合马余党得知，并有意扩散到忽必烈耳里，造成皇权争夺，史称“禅位风波”。
真金竟因此而忧惧成疾，于同年十二月十日病死，时年四十三岁。次年正月初一忽必烈停止朝贺，为其上谥号为“明孝”。同时将”皇太子宝”授予真金第三子铁穆耳。这些不幸的刺激下，忽必烈因饮食健康出现问题，最后十年，受到疾病的困扰，郁郁而终。