然而，关于郑和下西洋的目的，历来众说纷纭，莫衷一是。原因是郑和远航的官方档案，被明朝官员刘大夏隐藏而失踪了。刘大夏(1436—1516)，湖广华容(今属湖南)人，官至兵部尚书。他为官清廉，但思想保守，因反对郑和下西洋，就将郑和绘制的航海图藏了起来。
派遣郑和下西洋的皇帝，是明成祖朱棣。就是这个朱棣，发动了“靖难之役”，篡夺了自己的侄儿建文帝(惠帝)的皇位。但是，朱棣在攻下南京之后，建文帝就不知所终了。于是，各种传言鹊起，有说建文帝在南京宫殿大火中被烧死的;有说大火扑灭后，建文帝从暗道逃出后到了海外的;有说建文帝流落到民间当了和尚的……如此等等，不一而足。
早在元末明初，东南沿海一带就有不少中国人逃往海外谋生，朱棣怀疑建文帝也逃到了海外，于是，就派郑和下西洋，去追寻他的下落，以彻底消灭自己的对手。
这个史实在清乾隆四年(公元1740年)张廷玉纂修的《明史·郑和传》中有记载：“成祖疑惠帝亡海外，欲踪迹之”。此外，《明史·姚广孝传》《明史·胡濙传》里也写道：朱棣当上皇帝后，曾命人寻访建文帝的下落，郑和下西洋就是为了“踪迹建文”。说明郑和的船队确实担负着寻找建文帝的使命。
为了找到建文帝的下落，郑和先后七次下西洋，三次“出海”。永乐元年(公元1403年)，他出使暹罗(泰国)，永乐二年他出使日本，永乐二十二年他又出使旧港(印度尼西亚)，为的都是这个目的。
由此，我们得知了郑和下西洋的目的，是寻找建文帝的下落。这应该属于明成祖的政治目的。那还有没有其他目的呢?
明成祖派郑和下西洋还有一个目的，就是从斯里兰卡迎回“佛牙”。
斯里兰卡最大的寺庙叫佛牙寺，佛牙寺内供奉着一颗佛牙。佛牙是佛教的创始人释迦牟尼火化后遗留下来的牙齿。据传说，释迦牟尼的牙齿只有两颗流传到人间，一颗珍藏在北京西山八大处的佛牙塔内，另一颗供奉在斯里兰卡的佛牙寺内。
关于这仅存的两颗佛牙，佛教界盛行的说法是，在释迦牟尼圆寂(僧尼死亡)后，左犬齿在印度一度落入印度教徒手中，他们用大铁锤敲击佛牙，结果碎的不是佛牙竟然是铁锤，于是印度教徒只好将其送还佛寺。所以，佛牙被佛教徒们奉为珍宝。
朱棣是篡夺自己的侄儿建文帝的皇位而上台的，他兴师动众迎回佛牙，主要用意就是为了证明自己的正统地位，以平息民间的不满和反抗情绪。这一做法，前代帝王就曾使用过。
从斯里兰卡迎回“佛牙”，应该属于明成祖的个人目的。
除此之外，明成祖派郑和下西洋的目的，还要“耀兵异域，示中国富强”，以招徕诸番来朝，发展与诸番的友好关系，希望以外交手段来巩固自己的帝位，换句话说，就是宣扬明朝的国威。这是明成祖派郑和下西洋的军事目的。正因为这样，郑和在执行明成祖交付的重任──暗访建文帝的下落之余，他还“遍历诸番国，宣天子诏”。
明成祖也曾宣称，郑和下西洋的目的是为了“宣教化于海外诸番国，导以礼义，变其夷习。”可见，他这样做，是为了防止外来威胁。实际上，对中国历朝政权造成威胁的，大多来自陆地上的北面，明成祖就曾数次亲率大军北征。
除了“东洋”日本的倭寇骚扰我国沿海外，无论是“南洋”还是“西洋”，郑和下西洋所到过的海上诸国，从未对中国造成威胁。说明明成祖对海外的威胁做了错误的估计。
郑和下西洋还有商业的性质，即经济目的，是要拓展海外贸易。
明史专家吴晗，在其《明初的对外政策与郑和下西洋》一文中认为，郑和下西洋“是从国际贸易的收入上来解救当前的”财政困难的。
持续三年之久的“靖难之役”使天下百姓疲于兵旅，社会经济残破不堪，而明成祖又急于封赏靖难功臣，增设武卫百司，以巩固新生的政权。不久又发兵80万，攻打安南(越南的古称)、大兴土木迁都北京等等，财政耗费甚巨。为了弥补财政亏损，明成祖除了加紧盘剥人民，派人到全国各地开采银矿外，就是继承明太祖的遗训，对海外朝贡国实行开放政策，鼓励他们来华朝贡，以求输入更多的海外物品。
这些海外物品在当时的赢利是非常可观的。以胡椒为例，明政府给贡使的定价是每斤钞2贯，而支付给京师文武官员充作俸禄的是每斤100贯，一进一出，赢利50倍之多。所以明成祖才会采取各种措施，招徕海外诸国来华朝贡，甚至不惜巨资，派郑和下西洋，携带敕书及精致手工业品，遍赐海外诸国。
“欲国家富强，不可置海洋不顾，财富取之海洋，危险亦来自海上。”这是当年郑和劝说仁宗皇帝保留舰船时的谏言，可谓字字千钧，把海洋与国家富强，国家安危联系在一起，反映了当时社会高涨的海洋意识。