“朱三太子”在清朝初期拥有极为响亮的称号，当时许多反清势力都打着朱三太子的旗号行事，给清朝的统治带来了许多阻碍。一个王朝取代另一个王朝，往往都会将前朝皇室成员屠个干净，或者是控制起来，让其再不能成为前朝余孽起兵谋反的借口。
我们看“朱三太子”这个名号其实是有些奇怪的，因为明朝最后一位皇帝崇祯帝，一生有七个儿子。其中二子和七子早夭，还剩下长子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤、五子朱慈焕，后来城破之时就只剩下了长子朱慈烺、四子朱慈炤、五子朱慈焕三个皇子，其中长子朱慈烺是明朝的最后一位太子。那么问题来了，既然长子朱慈烺才是正儿八经的太子，那么只称太子就好，朱慈烺位列长位，为什么太子前面还要加个朱三呢?要解决这样一个问题，就要从城破之时开始说起。
李自成进攻北京，崇祯帝调令吴三桂前来援京，然而却迟迟不见军队踪影。一堆皇室贵族，便这样被李自成围困在北京。后来守城太监投降，崇祯帝已经没有的逃脱的希望，于是他将自己的几个儿子叫来。让太监给他们换上破烂的衣裳，对太子朱慈烺说：“带弟出城，他日报父母仇。”
崇祯帝对年仅十六岁的太子朱慈烺抱有很大的期待，他知道自己已经没有可能了，因而寄希望于自己的儿子。并且在临死之前，还嘱托各省官员，希望他们能好好的辅助太子，挽回颓势。可惜的是崇祯的希望也只能成为空望，因为历史上关于这位太子的记载也就到这儿为止了。此后再不见朱慈烺身影，后来谈迁编著明史时，也曾有“今太子无踪，执笔，其何所适从”的为难。
太子失踪，行迹成迷，那些想要起事之人，自然需要再起名号。清朝初期，各种反清势力数不胜数，其中最出名的便是“朱三太子”。
不知道什么时候起，崇祯帝的太子朱三流落民间的消息四处流窜，于是各地反清分子纷纷打起了“朱三太子”的名号，造成了清初轰轰烈烈的朱三太子案。
康熙十二年冬，北京一个叫杨起隆的人，自称自己是朱三太子，并组织旗下奴仆、佃户，密谋起事。后来冯生走漏，被清朝强势镇压，杨起隆趁乱逃走。康熙十九年，朝廷在陕西汉中捕获一位自称朱三太子慈璊的反清者，迅即起隆，然清廷指其假冒，在京磔死。
三藩之乱爆发，福建蔡寅沉沦起事，并且也称自己是朱三太子，在当时的环境下很多反清势力纷纷聚集在他的身边，拥众数万，与台湾郑经勾通反清，被清军击败于天宝山。
康熙四十年后，江苏太仓、浙江大岚山等处反清力量均称拥立朱三太子。
康熙四十七年正月，捕获在浙江大岚山起兵抗清的张念一。后经其口供，捕获一名张姓老人。朝廷审问之时，他张供认自己本名是朱慈焕，国亡后便开始四处流离，隐姓埋名，先后改姓王、张，以课读糊口，时年已75岁。后来清廷指其伪冒明裔，以“通贼”罪仍将朱氏父子解京处死。此后朱三太子案才算完结。
看这一系列事件，我们其实会发现，“朱三太子”其实并不是指的某一个具体的人，反而像是一种名号，成为反清势力都会借用的名号。之所以后来大多数人，都将朱三太子这个称呼代到朱慈焕的身上，大概是因为朱三太子案是在他这儿完结的。朱慈焕去世之后，后世没有人再用这个名号，从事反清复明的活动。实际上清廷将其斩杀，仿似斩灭了朱三太子的号召力。所以综合种种，将朱慈焕作为朱三太子称呼。