康熙二十二年(公元1683年)六月，施琅奉命率水师2万余人，战船200余号，自铜山(今福建东山)出发，进击台、澎，经过几天奋战，大败澎湖守军。郑军主力悉数被歼，守将刘国轩潜逃台湾。施琅占据澎湖后，对郑军实行招抚。郑克见大势已去，遂同意归附清廷，实行和平统一。
康熙对施琅的以战逼和给予大力支持，当他接到施琅克澎湖的捷报之后，立即下诏郑军：“尔等从前抗违之罪，尽行赦免。仍从优叙录，加恩安插，务令得所。”对郑军是否就抚，康熙也晓以大义：“倘仍怀疑畏，犹豫迁延，大兵一至，难免锋镝之危，倾灭身家，噬脐莫及。
尔等其审图顺逆，善计保全，以副朕宥罪施仁至意。”康熙的态度和施琅的以战带和策略完全一致，这就顺利地使台郑集团放心归附。台湾和祖国和平统一在清初是一件大事，施琅为此立了大功。康熙把台湾的归附看成是施琅为清朝“扫数十年不庭之巨寇，扩数千里未辟之遐封。”
康熙的支持，对于施琅来说有其特殊的意义。这是因为施琅是个降将，一部分大臣对他有偏见，这增加了康熙对施琅的了解和任用的困难。不过，由于施琅矢志报国，循正为人，不论在提督任上还是在内大臣任内，都没有突出劣迹，因而康熙对他并不反感，而且能够比较客观地去看待施琅，使施琅有机会为国家建功立业。
任施琅为内大臣贬中有褒
正当施琅雄心勃勃希望以武力征服台湾时，康熙下令召施琅入京任内大臣，并下令撒水师，不再议武力征台。这对施琅来说，地位自不如前重要了。康熙这样做，主要是迫于形势，而不是对施琅一意罢贬。这个形势就是朝臣主抚派占了上峰，以及朝臣对施琅的不信任。
当时对施琅的不利因素比较多，他不仅是明郑的降将，而且在1664年和1665年，即康熙三年和四年，前后数次率兵征台未果，损失兵丁。加上后来又出现他有子侄在郑军中的事件。当时清统治集团对明郑降将多不信任，曾下令把这些降清士兵官员迁往内地各省安插。
而对施琅当然也不可能例外。这种不信任当然也包括康熙在内，李光地向他推荐施琅为水师提督时，康熙问李光地：“汝能保其无他乎?”这是一部分朝臣的担心，康熙当然不能不考虑到，但当李光地详细和康熙谈了施琅的优点时，康熙便决心用施琅去征台。