关于孔子与孔子的父亲，历史上有着许多的谜题，其一，孔子的母亲为何到死都不告诉孔子其父亲姓甚名谁。其二，孔子的父亲明明叫叔梁纥，为什么孔子却行孔呢?父子二人的名号显然有着结构性的差异。这中间是否有什么关联吗?
从文献记载可知，孔子的列祖列宗中，没有以孔为姓的，孔姓是从孔子开始的。孔子的祖先不姓孔，姓什么?姓子。孔子自称是殷人，其祖先属于殷遗民。在先秦，商、周两代，商是子姓，周是姬姓。但在当时，女子称姓，男子不称姓。所以，孔子的祖先姓子，但他们的名号中都不冠以子姓。
孔子祖先姓子，孔子本人自然也姓子，这确定无疑。孔子怎么又姓孔呢?
为什么孔子的父亲叫叔梁纥孔子却姓孔
原来，准确地说，孔并不是孔子本人的姓，而是他的氏。古人的姓与氏是分开的，男子不称姓，称氏。孔子的孔，最初是氏，后来才变成了姓。孔子的孔，作为氏号，也就是孔氏，又是从哪儿来的呢?古文献中已有明确答案。
《孔子家语·本姓解》指出：孔子先祖本是宋国公室成员，传到孔父嘉时， 五世亲尽，别为公族，故后以孔为氏焉 。《阙里文献考》卷一也说：孔子先祖从弗父何到孔父嘉， 五世亲尽，当别为公族，乃以字为孔氏 。
这是说，孔子先祖弗父何让国后，其子孙仍然属于宋国公室成员，传了五世，到了孔父嘉的时候，按照宗法制的规定，五世亲尽，不能再继续列入公室，而是应该别立一族。别立一族，必须有个族的名号，于是就取孔父嘉的字作为族的名号。孔氏的孔，是从孔父嘉那儿来的，孔是孔父嘉的字。
孔氏虽然从孔父嘉开始别立一族，但那时男子的名号，称氏，称名，称字，似乎并无一定之规，所以，孔父嘉以后，孔子的先祖如木金父、祈父、防叔、伯夏、叔梁纥，都不称氏，其名号中都无孔字。孔氏一系，名号中称氏的，是从孔子开始，其后固定下来，如孔子的儿子叫孔鲤，孙子叫孔伋，曾孙叫孔白，玄孙叫孔求，等等。后来，氏变成了姓，孔也就由氏变成了姓。
由于孔子是圣人，也由于孔氏是从孔子开始固定下来，所以战国中后期孔子的直系子孙皆奉孔子为始祖。据《孔丛子·独治》篇记载，孔氏后人为祭祀先祖，立有两座祖庙，一是弗父何之庙，一是孔子之庙。孔子九世孙孔鲋说：他们 哭孔氏之别姓于弗父之庙，哭孔氏于夫子之庙 。孔鲋所说的 孔氏之别姓 ，是指孔氏别立一族以来的其他分支，这些分支并不以孔为氏，所以称 别姓 ;所有孔氏和孔氏之别姓，都奉弗父何为始祖。孔鲋所说的 孔氏 ，则是指孔子的直系后裔，都以孔为氏，都奉孔子为始祖。