康熙幼年智勇双全除鳌拜的故事一直是历史文学作品里的热门主题，虽说是一朝之君，但小小年纪如何清除顽党，或许幕后的推手是不可缺失的重要角色。
玄烨年龄还小，对此自然难以应付，但政治经验丰富的孝庄，却不露声色地密切注视事态发展，在继续任用辅臣的同时，采取了一些防患于未然的措施。
康熙四年(1665年)九月初八日，禀照祖母慈谕，12岁的玄烨举行大婚典礼，索尼的儿子内大臣噶布喇之女赫舍里氏正位中宫，遏必隆之女落选，成为皇妃。选中赫舍里氏为皇后，对清朝元老索尼及其家族予以荣宠的笼络措施。玄烨大婚标志少年皇帝正在步入青年，其亲理政事已为期不远。换言之，孝庄是以此为孙儿早日亲政制造舆论，打下基础。当鳌拜得知玄烨选后的结果时，因希冀落空，“心怀妒忌”，气恼万分，竟与遏必隆一起入宫“奏阻”。
此前，玄烨已开始广泛求言，制造舆论，通过各种举措，纠正辅臣的种种失误与施政弊端，这使朝中人心振奋，玄烨威望日增，鳌拜逐渐孤立。鳌拜集团附者甚众，盘根错节，已控制中央机构各要害部门。为最大限度地减少动荡，孝庄帮助玄烨制定了“擒贼先擒王”康熙八年(1669年)五月十六日，鳌拜奉召进宫，旋即被卫队擒拿，其主要党羽也先后被逮捕归案。考虑到鳌拜以往的功绩，玄烨对他予以宽大处理，免死，籍没家产，终身监禁。
踢开清朝向前发展的绊脚石后，玄烨真正掌握了清朝大权。短短几年内，政局进一步稳定，得到汉族地主阶级更广泛的拥护，经济也有起色，为其后平定三藩之乱，打下重要基础。
当时，玄烨年仅16岁，还缺乏足够的智谋与经验。若无祖母的指教，他很难在亲政后第三年，便一举铲除这一把持朝政多年、势力颇大的宗派集团，稳妥、彻底，不留后患。
孝庄指导玄烨宽大处理鳌拜集团，也是对当年两黄旗大臣同心合力，拥立幼主(福临)的回报，表明她为保护幼孙，并从清朝的长远统治计，不得不清除对她效忠多年的老臣时，仍旧手下留情。作为最高统治集团的核心人物之一，这种做法尤为难能可贵。