红丸案更是起到了加速剂的作用。新皇帝朱常洛刚刚登基，就遭遇红丸药物的迫害，但是令人奇怪的是，方从哲刚开始对李可灼不但不惩罚反而赏赐已经很可疑，后来更是轻易将此事搪塞过去，最终这个案件的结果就是东林党得势，同时也使魏忠贤从此与东林党势不两立，当他上台后，进行了残忍的迫害，直到其倒台后才得以翻案。而当崇祯死后，当时的南明王朝又再一次以此案件作为题材挑起党派之间的斗争，一直到明王朝彻底灭亡才告终结，可见明末三大案加速明朝衰弱之实。
