正史记载：亚历山大大帝卒于公元前323年6月10日，巴比伦。死后尸体经过防腐处理(绝对不是埃及的木乃伊处理法)，一直放在巴比伦宫殿的地下室。一年之间，他的部下展开了激烈的皇位争夺战，致使他的尸体久久得不到安葬。一年之后，争夺战结束，亚历山大帝国被三家瓜分：托勒密占领了埃及，塞留古占领亚洲部分，中央马其顿及希腊部分由亚历山大的遗腹子(亚历山大四世)继承，实际大权则掌握在安提柯和其子卡山德手里。亚历山大的妻子罗克珊长期得不到太后奥林匹亚斯的承认，但太后答应保护亚历山大四世。这时候人们开始注意到尚未安葬的亚历山大大帝。他的形象太伟大了以至于把他看作神都毫不为过，新国王都争要遗体，表示他是亚历山大名正言顺的继承人并希望得到亚历山大的保护。
历史的疑案在这里开始了。按照马其顿王室的规矩，亚历山大由卡山德护送前往马其顿王陵谷(有点像埃及国王谷)，在培拉举行葬礼并安葬在古都埃盖(腓力二世的陵墓不久前在这里被发现)。但是，送葬的队伍在路上遭遇拦截，被秘密地转移方向，亚历山大的灵车消失了。
几个月之后，埃及亚历山大城奇迹般地出现亚历山大大帝的陵墓，里面放着著名的亚历山大金棺。这个陵墓此后几个世纪一直在这里，吸引了无数名人、游客前去拜访，包括凯撒，屋大维、提比略等罗马皇帝。传说凯撒进入陵墓前守陵人告诉他陵墓一般漆黑幽深，只有在大晴天日光垂直照射时才能进去，而且只能维持两三小时，一旦过时出不来，就会迷路死在里面。
凯撒不信，手打火把欲进入，但刚走到墓门火把便自然熄灭，试了好几次都不行。凯撒便在心里乞求亚历山大容他一见，陵墓便奇迹般地通体透明，凯撒只身而入，在里面待了很久(远不止两三个小时)，陵墓依然通体透明，直至凯撒出来。屋大维拜见亚历山大则更有意思，据说当他亲吻他时还不小心弄坏了亚历山大的鼻子。这座埃及的亚历山大陵墓在提比略参拜之后便消失了，有人说是因为海水吞没了它，也有人说是异教徒破环了它。但是，在今天的埃及亚历山大城，人们压根没有发现任何有可能是亚历山大大帝陵墓的遗迹。
公元前30年，埃及艳后的统治被推翻，屋大维以胜利者的姿态来到埃及并朝拜了亚历山大陵墓。他让人把石棺从墓室里搬出来，亲自将王冠放在亚历山大的木乃伊身上，又在石棺里洒满鲜花。但是，他却不小心把木乃伊鼻子的一部分弄坏了。
在这之后几个世纪，亚历山大的陵墓一直是罗马皇帝的朝圣地。公元19年，七岁的盖乌斯·卡里古拉随同其父前往埃及，目睹了亚历山大陵墓，此人后来成了罗马皇帝。公元69年左右，韦斯巴乡皇帝和提图斯皇帝都见到了亚历山大陵墓。公元130年左右，哈德良皇帝和安提努斯皇帝先后参观了亚历山大陵墓。
然而，公元200年的时候，塞维鲁皇帝在参观亚历山大陵墓时，被墓道里的阴森气氛吓怕了，下令封锁墓室。最后一次关于亚历山大陵墓的明确记载是，塞维鲁的儿子卡拉卡拉皇帝来访，他把自己的戒指和佩带留给亚历山大，然后镇压了一场叛乱活动，几乎灭绝了所有亚历山大城的年轻人，亚历山大的陵墓从此在历史中消失了。有人说是因为海水吞没了它，也有人说是异教徒破坏了它。但是，在今天的埃及亚历山大城，人们压根没有发现任何有可能是亚历山大大帝陵墓的遗迹。
有人认为，埃及亚历山大城所谓的陵墓根本不曾存在过，它是历史学家的杜撰，以迎合罗马皇帝的欢心，说明他们是亚历山大的事业继承者。真正的亚历山大尸体在那次拦截案中被托勒密秘密地转移到不为人知的地方。亚历山大陵墓的秘密是托勒密一手策划的。那么，他有没有留下有关陵墓的只言片语呢?遗憾的是，后来亚历山大城图书馆遭遇一场大火，大火早已将这些机密文件烧成灰烬，没有任何线索留下来。人们推测，托勒密有可能根本没为亚历山大造墓，而是把他的遗体放在毫不起眼的石棺里，埋在不为人知的地方。