早在公元前4000年，安第斯地区就会将死人做成木乃伊，此风流传甚久。在印加帝国，人们并没有把木乃伊当做死人看待，他们相信木乃伊仍会像活人一样思想，会继续发育长大，甚至还具有活人没有的本领——和神灵沟通。因此，印加的木乃伊又被称做“活死人”。对印加人而言，祖先的木乃伊不但不可怕，反而非常亲切，能赋予他们更多信心和安全感。
从印加王到家族长老，所有伟大人物的木乃伊都被精心保存，穿上衣服，布置成双手在胸前交叉的坐姿。一些木乃伊会被保存在干燥的岩洞里，接受人们的定期探视和膜拜。而那些更重要的木乃伊则会被保存在自家房屋里。人们仍然视木乃伊为首长，请他们为自己解惑，甚至裁决彼此间的争议。负责保存木乃伊并能与木乃伊“对话”的尊长，也因此具有崇高的地位。
印加人为什么会如此热衷于制作木乃伊呢?他们的木乃伊又是如何制作的，竟然能保持几百年甚至一千多年不会腐烂?
有人推测，印加人制作木乃伊，也许只是在模仿自然，因为很多人住在海岸沙漠地带，干燥的气候使得尸体千百年不会腐烂。德国考古学家曾在秘鲁利马附近发现过一个木乃伊包裹，里面是一个小女孩，她死后被放在包着羊驼毛寿衣的篮子里，埋在干燥的土壤里，未曾涂以任何香料，但500年来她几乎毫发无损。
1570 年，西班牙籍的印加早期编年史家埃尔·印加·加西拉索·维嘉曾亲眼看见一组印加皇帝和皇后们的木乃伊。令他奇怪的是，这些尸体还覆满了皮肉，并且没有任何防腐处理的痕迹。他猜想这些尸体曾被放到高山上一段时间，在寒冷、稀薄的空气中干燥。当然，他的解释不过是一种有根据的猜测，因为印加人从未解释防腐的秘密。所能确定的只是发现的大多数木乃伊无论是属于印加时代之前还是印加统治期间，都是自然干燥的，只在少数几个文明中使用了人工手段。有的氏族干脆取出尸体的内脏，有的还放入植物等东西，有的则利用树脂、油膏和香草进行处理。
木乃伊的埋葬风格体现了死者的地位。地方贵族的坟墓有几间，埋在一起的还有他们的妻妾、仆人和奴隶。平民一般埋葬在该地区偏僻、简单的坟墓里，谨慎地包好，旁边放几件他们在世时的尊贵物品。
秘鲁南海岸曾经出土了很多裹着四层棉布的木乃伊，这些木乃伊可以追溯到公元400年。一位学者指出，可能每层寿衣都象征着同一尸体的不同安葬仪式，反映了前印加人想象死者通向天堂的路有四个阶段。紧紧裹着尸体的布就像吸油绳一样，排去液体。
1976 年，在秘鲁安孔城附近发现的一位女人的木乃伊包裹极为细致复杂，考古学家花了整整两天时间才看到里层的骨骼。这个女人下葬时身穿无袖外衣，放在一大块布上面，头枕着装有棉花的枕头，赤足盘腿，双手放在胸前，手上戴有三枚戒指——两枚金属的、一枚珠子的，齿间还夹着一枚银片。考古学家从包裹里的陶瓷小雕像断定这位女人葬于印加帝国时期(公元1476年到公元1572 年间)。
由于印加木乃伊多是一些沉睡的孩子，长期以来，人们都怀疑印加在地震或重大军事胜利以后把人作为牺牲献给神灵。也有人认为他们是部落送给山神的礼物，以祈求山神的保佑。这个问题争论了几百年，但一直没有得到解决。