说到创建“皇寺庙”，还要从女真后金时期的蒙古察哈尔部落说起。蒙古察哈尔部落的林丹汗，出生于明代万历二十年(1592年)。当年，满、蒙各部落都有“立长为嗣”的观念和习俗。明代万历三十二年(1604年)，以长孙身份，林丹汗继承了祖父的汗位，成为统辖蒙古的“可汗”。林丹汗继位不久，便在蒙古漠南巴林部境内的阿巴噶哈喇山，修建了“瓦察尔图察汉浩特”(汉语“白城”)，作为政治、经济、军事中心。除了实力雄厚之外，林丹汗还是元世祖成吉思汗的嫡系子孙，并握有“传国玺”、“玛哈噶喇”金佛、《金经》三大法宝，足已号令蒙古各部落。
“传国玺”原先珍藏在元朝的内务府。元代顺帝被明代洪武帝朱元璋打败后，携带传国玺逃到沙漠，最终死在应昌府(内蒙克什克腾旗西北达里诺尔西)，传国玺不知去向。200多年之后，一个牧羊人发现了一件怪事：他的一只山羊一连3天不吃草，只是一个劲儿地在一个山岗下用蹄子刨地。牧羊人见状，将地面挖开，惊喜万分地得到了这方“传国玺”。牧羊人将“传国玺”交给了元代后裔博硕克图汗。后来，博硕克图被察哈尔侵占，“传国玺”便落到了林丹汗手中。
“玛哈噶喇”是藏语，意为“宝藏怙主”，译成汉语为“大黑天”，为藏传佛教中护法神之一。沈阳“皇寺庙”中的“玛哈噶喇”佛像，以黄金铸成，高约两尺，重1000两。据有关专家考证，南宋宝佑四年(1256年)，在甘肃凉州(武威)的忽必烈军营中，工匠巴勒布铸造了“玛哈噶喇”金佛。当时，这尊佛像被视为元朝皇帝的护法神、蒙古族的战神。“玛哈噶喇”金佛曾由五台山转至西藏。明代万历四十五年(1617年)，林丹汗下令，在“瓦察尔图察汉浩特”建造金顶白庙，供奉从西藏请来的“玛哈噶喇”金佛。
《金经》是举世闻名的东方佛教经典。元代大德年间(1297年至1307年)，奉元成宗铁穆耳之命，藏文《金经》被译成蒙文。尽管林丹汗握有三大法宝，但他到处兴兵攻掠，专横跋扈，贪得无厌，最终激起蒙古各部落的强烈不满。
林丹汗当政时期，努尔哈赤的后金国在辽东崛起。为扩充实力征讨明朝，努尔哈赤对相邻的漠南蒙古科尔沁部、扎鲁特部、八岳特部等部落，采取了“联姻结盟”政策。努尔哈赤先后迎娶科尔沁贝勒明安女、孔果尔女为妃;又将胞弟舒尔哈齐之女嫁给八岳特部贝勒之子，从而分化瓦解了林丹汗的势力。
皇太极继位后，采取软硬兼施策略，笼络、征服察哈尔外围各部，集中军事力量打击林丹汗。皇太极先后于后金天聪二年(1628年)、六年(1632年)、九年(1635年)，三次征讨林丹汗。尤其是后金天聪六年(1632年)三月，皇太极御驾亲征，传令归顺后金的科尔沁、扎鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿特等蒙古部落出兵，在西拉木伦河(西辽河之一)会盟。同年四月下旬，皇太极率领满、蒙联军10万兵马，越过兴安岭，驻守都勒河。
后金天聪八年(1634年)十二月十四日，墨尔根一行抵达盛京(沈阳)边门(沈阳西北平罗堡)。皇太极闻报之后，随即命毕礼克图囊苏喇嘛、大臣罗礼，带领众多僧人，前往盛京(沈阳)边门平罗堡迎接。第二天，墨尔根来到盛京(沈阳)城内，向皇太极奉上“玛哈噶喇”金佛、《金经》。皇太极大礼接见、款待了墨尔根等人。后金天聪九年(1635年)二月，皇太极下令，表彰墨尔根等二人，赐给每人鞍马、染貂皮帽、貂镶皮袄、玲珑腰带、玲珑撒袋、股子皮靴各一;其他归顺人员也各有赏赐。
在赏赐送佛有功人员的同时，皇太极还做出西征决定，差遣弟弟多尔衮，侄子岳托、萨哈廉，长子豪格，远赴黄河“河西”寻找林丹汗的太子额哲，以及“传国玺”。当年二月二十六日，多尔衮等“四王”率领一万铁骑离开盛京(沈阳)，沿着当时林丹汗的逃亡路线，一路向西疾进。
尽管有在白骆驼卧地不起闭目死去之地建造佛堂之说，但李凤民先生认为，金佛佛堂，即“皇寺庙”选址的依据，与盛京八旗方位制度有关。清代初期，将盛京(沈阳)内外城东、西、南、北四面划分为八等份，“八旗”的每个“旗”各占一份。以清初崇德年间的盛京(沈阳)外城为例：北面(由西向东排列)为正黄、正蓝两旗;东面(由北向南排列)为正白、镶白两旗;南面(由东向西排列)为正红、镶红两旗;西面(由南向北排列)为镶黄、镶蓝两旗。于是，“八旗”均拥有各自的固定土地。
皇太极虽为一国之君，但在传统的“八旗”制度上，皇太极仅为正黄、镶黄两旗的旗主，拥有相应的固定土地。“皇寺庙”位于小西边门大御路以北、小北边门大御路以西之间。这个位置，恰恰是正黄旗的地界，为皇太极拥有的土地。以此推断，建造金佛佛堂用地，是清太宗皇太极所拨的正黄旗旗地。那么，金佛佛堂便自然是皇家寺院了。所以，尽管金佛佛堂扩建后，全称叫做“莲花净土实胜寺”，但人们还是习惯称之为“皇寺庙”。
再有，《钦定大清会典事例》记载，后金天聪七年(1633年)定制：喇嘛寺庙必须建在城外。由此可见，“皇寺庙”的选址，也显然遵循了这一定制。
皇太极建造“皇寺庙”，完全出于政治需要。“蒙古三宝”到手后，又建造了金佛佛堂，使得漠南蒙古十六部四十九贝勒齐聚盛京(沈阳)城，一致拥戴皇太极为蒙古“共主”。皇太极不失机宜地接受满、蒙、汉诸王大臣上奏的尊号，改称“皇帝”，改国号为“大清”。这个重大的历史事件，发生在清代崇德元年(1636年)四月十一日。
所有事情的开端都是有原因的，这建“皇寺庙”听起来有些荒唐，不能让人理解。但细究起来，还真是有很多含义。也正是因为皇寺庙建造的过程如此重视，所以现在才有许多人去参观吧。