公元1121年(宣和三年)四月，起义军最后一个据点青溪梓桐洞被宋军攻破，方腊父子等52名首领被俘。公元1121年8月，方腊被朝廷处死，起义失败。方腊(公元1048-公元1121年)又名方十三，北宋睦州青溪县万年乡(今淳安)堨村人，一说宋代歙州(治歙县，即徽州)人，后迁至睦州青溪县万年乡(今淳安)堨村，北宋末年农民起义领袖。
方腊怎么死的,漆园誓师.宋史记载，方腊是青溪县一家漆园的主人(一说漆园佣工)，信奉摩尼教。青溪地势险要，境内林木茂密，山谷幽险，有梓桐洞、帮源洞等天然山洞，是富饶之地。方腊家里有漆园，朝廷设立的造作局屡次强行索要，方腊心中怨恨但不敢贸然发难。公元1120年(宣和二年)，朝廷派人到东南各地搜刮民间的花石竹木和奇珍异宝，贪官朱勔等乘机敲诈百姓，大发横财。百姓怨声载道，人人思乱。公元1120年(宣和二年)十月，方腊积极联络青溪一带的摩尼教徒，准备起义。他们的秘密活动被里正方有常发觉，并向县官告发，方腊发现事泄，就杀死告发者。公元1120年(宣和二年)十月初九，方腊集合众人在漆园誓师，宣布起义。
方腊起义军以诛贪官朱勔为名，以帮源、梓桐为据点，不断向外扩展，数日后，起义队伍的人数增加到几万人。公元1120年(宣和二年)十一月初，方腊建立自己的政权，自号“圣公”，与北宋王朝分廷抗礼。以方肥为宰相，汪公老佛为军师，杨八桶、方七佛、郑魔王等为大将，置官吏将帅，级别分为六等，以不同颜色的头巾相区别，士兵则一律扎红巾作标志。公元1120年(宣和二年)十一月底，起义军在青溪息坑(今浙江淳安西)击败两浙路常驻宋军数千人，杀将官蔡遵等人，乘胜攻占青溪县。
公元1120年(宣和二年)十二月初，起义军攻陷睦州，杀官兵千人，占据寿昌、分水、桐庐、遂安等县。公元1120年(宣和二年)十二月末，方腊挥师向西，攻克歙州(今安徽歙县)，宋将郭师中战死。婺源、绩溪、祁门、黟县官吏闻风而逃。起义军随后攻克富阳、新城，进逼江南重镇杭州。杭州是两浙路的首府，又是造作局所在地，地理位置十分重要。杭州知州赵震见起义军队伍浩浩荡荡，弃城逃走，起义军进入杭州后杀两浙路制置使陈建和廉访使赵约。
积怨已久的群众见官就杀，又发掘蔡京祖父坟墓，暴露其骸骨。节节胜利的起义军获得广大民众的拥护和响应，兰溪灵山的朱言、吴邦，剡县的裘日新，仙居县的吕师囊，方岩山的陈十四，苏州的石生，归安县的陆行儿等也揭竿而起，响应方腊起义。公元1121年(宣和三年)初，起义军又攻克婺州、衢州、旌德、处州等地。短短几个月时间，起义军就占领了六州五十二县，起义军人数已在百万以上。
起义军势如破竹，东南大震。淮南发运使陈遘上疏称情况危急，求朝廷派兵增援。宋徽宗大惊，急忙撤销造作局和停运“花石纲”，罢黜朱勔官职，企图安抚民心。同时任命谭稹为两浙制置使，童贯为江淮荆浙宣抚使，调集兵马十五万，水陆并进镇压起义军。
英勇就义
童贯率领的十五万军队是北宋精锐部队，宋军渡江后兵分两路，由王禀、刘镇等率领，一路直趋杭州，一路杀向歙州。公元1121年(宣和三年)正月，方腊派大将方七佛率众六万进攻秀州(今嘉兴)，秀州统军王子武乘城固守，不久宋军援兵赶到，大败起义军。公元1121年(宣和三年)二月，宋军包围杭州，宋徽宗下诏“招抚方腊”，被方腊拒绝。方腊亲自指挥抵抗，由于城中缺粮，起义军被迫撤出杭州。公元1121年(宣和三年)三月，方腊率起义军再次进攻杭州，在城外被王禀打败。杭州失守，形势急转直下，义军从节节胜利变成节节败退。歙州、睦州、衢州先后失守，方腊从富阳、新城、桐庐一路退到青溪县，最后退守帮源洞。此时起义军尚有二十万人，但战斗力大大下降，“与官兵力战而败。”
公元1121年(宣和三年)四月二十四日，宋军包围帮源洞。方腊在石洞中躲藏起来，由于石洞极为隐蔽，官军不知如何进入。在宋军中任裨将的韩世忠侦查到路径，便率骁勇进入方腊所藏洞中，格杀数十人。四月二十七日，方腊和妻子、宰相方肥等人被忠州防御使辛兴宗所俘虏，藏匿在洞中的七万起义军被杀，方七佛等人逃走。方腊等人被押往汴京，公元1121年(宣和三年)八月二十四日，方腊被杀。虽然起义军领袖方腊被俘，但剩下的起义军继续转战浙东各地，与官军一直战斗到公元1122年(宣和四年)年三月。轰轰烈烈的方腊起义，至此才落下帷幕。
方腊率贫苦大众，以诛贪官为名发动起义。方腊起义的特点是准备充分、发展迅猛、斗争坚定，在短短几个月内就攻克了六州五十二县，镇压了大批贪官污吏和地主土豪，从而沉重地打击了宋朝地主阶级在东南地区的黑暗统治。由于方腊错误估计形势，低估宋军实力，起义军先胜后败，很快就被宋朝禁军镇压，没有改变宋朝的腐败政策，但对宋朝的国力有所削弱，是导致宋朝后来败给辽金的原因之一。