秦惠文王杀商鞅的原因：在秦惠文王看来，商鞅必须死。商鞅曾经不看当年太子而今国君的面，对太子师傅用刑，这只是一个潜在原因，并不是主要原因。主要原因是，商鞅已成为王权与贵族利益冲突的焦点。在商鞅的改革中，王权得到加强，贵族遭到削弱，贵族们不敢对王权发出不满，但要把这种不满发泄在始作俑者商鞅身上。商鞅成为贵族的众矢之的，必欲置之死地而后快。所以，新国君秦惠文王刚刚即位，公子虔之徒就诬告商鞅谋反。
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在公子虔之徒看来，谋反作为一种莫须有的罪名扣在商鞅头上最合适也最具杀伤力，更不需要什么证据，凭商鞅是魏国人就够了。“诬告谋反”成为以后诛杀功臣最有效的惯用手法，且屡试不爽。
是杀死商鞅?还是继续得罪宗室贵族集团?这是一个单项必选题。
对于新国君秦惠文王来说，杀死商鞅远比得罪贵族更为明智。商鞅对新秦王而言已经没有太大的价值，变法已经全面实施，改革已经走上了正轨，效果也十分明显。况且，商鞅是先王任用的老臣，新王杀他没有感情障碍，也不会有什么内疚感，而宗室贵族集团既势力强大又还有充分的利用价值。
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此时，对秦惠文王来说，杀死商鞅、解决王权与宗室贵族集团间的利益冲突是最好的选择。
因此，即使商鞅不是一个刻薄少恩者而是一个品德完美的圣人，在这个时候，他也不得不死。
商鞅的宿命也是自古改革者特别是法家改革者的宿命。法家以法管事，以律治国，严刑峻法，杀人无数，怨恨自然就多。改革常常在一个志在图强的国王支持下进行，必然触动、牺牲贵族集团的既得利益，也必然遭至怨恨。
商鞅之死的背后
依司马迁的意思，商鞅死于性格。意思是他为人刻薄少恩，不讲人情，没有朋友，没有人性，所以弄得天怒人怨，一生背负恶名，只有死路一条。这也是事实，当时有一个叫赵良的人也曾指出商鞅“刑黥太子之师傅，残伤民以骏刑，是积怨蓄祸也”，劝他早作退路，以避杀身之祸。但巴布猜想，司马迁先生的这些评价也可能与他个人思想和经历有关。他生在儒家思想渐成统治地位的汉武帝时代，加之他身体因遭腐刑致残，对讲求霸道、主张严刑峻法的法家极为厌恶。
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商鞅的悲惨结局确实有他的性格因素。但作为一个政治家，他的命运实际上已经与时代、社会、国家和各方利益相连，性格有时候只是造成他结局的一个因素，甚至不是主要因素。
商鞅之死的根本原因在于，他的改革变法触动了秦国宗室贵族集团的利益。司马迁也说：“商君相秦十年，宗室贵族多怨望者。”
我们只要看看商鞅变法对宗室贵族集团的具体损害就可以明白，商鞅对宗室贵族集团利益的损害有多大，感情伤害有多深。
变法之前，旧贵族的爵位和俸禄是世袭的，世世代代享有政治和经济特权。但商鞅奖励军功的新法规定，凡是没有建立军功的旧贵族，都要从宗室贵族的簿籍上除名，不许无功受禄。相反，有军功的平民也可以按军功封爵受赏，成为新贵族。过去，贵族有封地，自己就是封地中的君主，操生杀大权。商鞅废除分封制，将贵族封地改设为由国君统一领导的郡、县，大大削弱了宗室贵族的权力。
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商鞅变法的核心
商鞅变法的一个核心内容是集权，削弱原来宗室贵族的权力，强化王权。这种集权符合了秦王的利益，所以才得到秦孝公的全力支持，但却得罪了秦国宗室贵族集团，损害了一大批宗室贵族的利益。
事实上，随着改革变法的不断深入，商鞅与宗室贵族集团已经成为一对非常尖锐的矛盾。只是这个矛盾在秦孝公健在时还至于不可调和，有秦孝公的斡旋，矛盾的双方还暂时表现为势均力敌。然而，秦孝公一死去，这个矛盾就必然发展转化为不可调和。