据说，成吉思汗在临终前曾交代，他死后秘不发丧(为了避免军心涣散)，并且要遵从祖先留下的丧葬风俗。当时蒙古的丧葬习俗大致如此，蒙古贵族死后，将其埋葬，但不起坟头，再用许多马匹将埋葬之地踏平。然后当着母骆驼的面将小骆驼杀死，并淋骆驼血在这片墓地上，还要派上干骑兵来守护此地。等到第二年春暖花开之时，墓地上长出茂盛的草木之后，骑兵才会撤走。这样一般人看到的只是茫茫的草原或者森林，根本不知道墓地的具体位置。如果亲人想要祭奠，就拉着那只母骆驼来引路，如果母骆驼在一片地方驻足并悲鸣，这片地方就被视为先人的墓地。
成吉思汗下葬后，他的墓地变成了一片森林。据说当时守护墓地的1000多名骑兵和造墓者都被杀死了，为的就是不泄露成吉思汗陵墓的位置，以免打扰他安息。后来，在那只母骆驼死后就没有人知道其墓地的确切位置了，这也就成了一个干古之谜。现在位于内蒙古自治区伊金霍洛旗甘德利草原上的成吉思汗陵，也并非成吉思汗的真正陵寝，而是一座衣冠，其中并无成吉思汗的遗体。不过，经过专家们多年来的探索和研究，对成吉思汗真正的葬身之处，大致有以下五种说法。
第一种说法，成吉思汗葬在了今蒙古国境内的肯特山南麓。依据是有关史料记载，成吉思汗在生前的某一天，曾经静坐在肯特山上的一棵树下沉思，后来突然起身站立，对随从说:“我死后，就将我葬在这里。“另外，在南宋的一些文人的笔记中也有记载:成吉思汗病逝后，他的遗体被运送到了漠北肯特山下的某个地方，然后挖坑深埋，万马踏平。
第二种说法，成吉思汗真正的墓地在新疆北部的阿勒泰山上.据《马可.波罗游记》记载:在把大汗的灵枢运往阿勒泰山的途中，护送的人将沿途遇到的所有人都作为殉葬者。另有史料记载说，成吉思汗在临终前曾命令属下将其灵枢运回蒙古安葬。这样看来，其遗体很有可能就安放在阿勒泰山上.
第三种说法，成吉思汗的遗体被葬在了宁夏境内的六盘山。依据是成吉思汗攻打西夏时死于六盘山附近，按照蒙古族当时的习俗，人在去世三天内就要下葬，以防止尸体腐烂，灵魂上不了天堂。成吉思汗死在了七月，那时正值盛夏为了避免尸体腐烂，成吉思汗就地安葬的可能性还是非常大的。
第四种说法，来源于哈萨克斯坦一位历史学家奥斯科尔科夫的考证，他认为成吉思汗的安葬地点在哈萨克斯坦的里杰尔(今列宁诺戈尔斯克地区)。他说成吉思汗生前曾指定要将自己安葬在阿尔泰山脉的一处人迹罕至的地方，经他考证发现，里杰尔就是成吉思汗所指之处。奥斯科尔科夫说:考古学家在那里发现了石器时代的人类遗迹，却没有发现青铜器时代，以及铁器时代的人类遗迹，为什么这片地方这么特殊呢?很大的可能便是这里是人为划定的禁区，所以这里极有可能是成吉思汗墓地的禁区。
第五种说法，源自内蒙古杜科院的研究员潘照东之口，他认为位于鄂尔多斯高原的阿尔塞石窟附近极有可能就是成吉思汗的真正墓葬之地。这里的地貌、地名等特征与《蒙古秘史》、《史集》等史料中关于成吉思汗墓葬之地的描述极为相似，并且在阿尔塞山的一个石窟中还有一幅与成吉思汗的安葬关系密切的壁画，潘照东推断，这幅壁画应是《成吉思汗安葬图》。另外，此处曾经是成吉思汗当年攻打西夏时的大后方，距离六盘山不太远，要是将他的遗体从六盘山运至此处，三天时间是足够用的。综合种种因素来看，潘照东的分析也不无道理。
分析至此，也许有人会问，既然有这么多疑似成吉思汗墓的地方，为什么不把成吉思汗陵建在其中一地呢?至于选择伊金霍洛旗的甘德利草原来建造成吉思汗陵，也是有讲究的。成吉思汗的第34代嫡孙、中国的最后一位蒙古王爷奇忠义先生为我们揭晓了这个问题的答案，这是一个流传在鄂尔多斯草原上的美丽传说。
相传1226年，成吉思汗率军西征西夏时，路过了这个地方。他见这里水草丰美、花鹿出没，忍不住沉浸在这片迷人的景色中。而后，他对左右随从说:这里简直是人间仙境，将来我死后就要葬在此地。“谁知第二年，他便真的病死在了六盘山的军中。属下在将其灵枢运往蒙古故乡的时候又路过了此地，恰巧灵车的车轮陷在了地里，人推马拉都无法将灵车拉动。这时，有人突然想起了成吉思汗途经此地时说的那句话，便将其安葬在了这片美丽的草原上。
对于一代帝王成吉思汗本墓葬之谜，考古学家可谓是费尽心思，倾其全力，但是却未能给我们一个准确的说法。我们不妨设想，也许成吉思汗本意正是如此吧，因为他并不想被后人打扰。