古格王朝不同于西藏其他任何时代的任何王国，在这里不是政教合一的体制，他们采用的竟然是政教分离的形式，在考古学家眼中，这是十分奇怪的。在古格，国王是一切权力的中心，皇权是至高无尚的，神圣至高的国王在这里维持了700多年，但是这里毕竟与佛教的圣地印度有着过于亲密的接触。长期以来，这里的人民始终对佛教有着虔诚的信仰。在这种情况下，古格内部产生了深刻的矛盾，古格王和他的弟弟(当时的古格佛教领袖)明争暗斗，都想要增强自己的实力。后来，葡萄牙传教士的到来，使这种矛盾达到顶峰。
17世纪，西班牙的传教士来到了印度的果阿，又从果阿来到位于西藏阿里的古格王国。他们首先说服了王后改信天主教，接着又说服国王改变信仰，古格王为了加强统治，决意利用外来宗教打击佛教的势力。1633年，古格的僧侣们发动了叛乱，古格王的弟弟勾结了与古格同宗的拉达克王室，利用拉达克的军队攻打古格都城，企图推翻古格王朝，于是一场残酷的攻坚战就在这里打响了。而建在一座山上的古格王宫是西藏防守能力最强的建筑。战斗持续了很长时间之后，拉达克开始驱赶古格的老百姓在古格的半山腰修建一座石楼，他们的想法是等这座建筑和山顶一样高的时候，就可以最终拿下古格了。
现在我们在古格的半山腰可以看到这座石楼的遗址，但这座石楼并没有修完，仅仅修筑了十几米高，古格王朝就在此时灭亡了，难道是拉达克人找到了新的攻占古格的方法了吗?传说告诉我们不是这样的。
在拉达克军队的驱使下，古格的百姓不得不日以继夜地修筑石楼，他们一边劳作一边在王宫下面非常凄苦地唱歌，凄凉的歌声传到了国王耳中，仁慈的国王为自己的百姓遭受的苦难感到异常难过，于是他便作出了最后的决定。
一种传说称古格国王最后从悬崖上跳了下去，国王一死，古格自然也就城破了。还有一种传说称仁慈的古格国王为了挽救他的百姓，最后带领古格人向拉达克军队投降了。从历史记载来看，似乎后一种情况更可靠。杨公素在《中国反对外国侵略干涉西藏地方斗争史》及伍昆明《早期传教士进藏活动史》的记载都是：古格的最后一个国王及全家被拉达克人拉回拉达克都城列城关进了监狱。
但令国王没有想到的是，他的投降并没有为古格人民换来真正的安居乐业。国王投降后，古格老百姓的结局却异常凄惨，无头藏尸洞就是证明。那么是这场战争之后，拉达克人的抢掠和屠杀最终导致了古格的灭亡吗? 据有关资料记载，拉达克人在古格烧杀抢掠的时候，一支驻守在西藏的厄鲁特蒙古人出兵把他们逐出了西藏，显然古格并没有因为这场战争损失殆尽。从藏尸洞里的尸体数量也可以看出，古格人不可能被屠杀殆尽。据记载，当时的古格大概有十万多人，但藏尸洞中却远没有十万之多。然而现在我们又找不到古格人的后裔，在现今的古格遗址上，我们只能看到有十几户人家守着这空空荡荡的废墟。那么当日十万之众的古格人如何消失得无影无踪了呢?
从记载和考察的结果看，战争造成的屠杀和掠夺并不足以毁灭古格文明。可事实上，古格王国又确实是在这场战争之后就迅速灭亡了。那么古格王朝的灭亡是另有原因吗?有关学者提出了自己的意见，他们认为，古格的最终灭亡是综合因素的结果。
当然，这场战争的打击应该是促成它迅速灭亡的主要原因。但它周围的自然环境也是造成古格灭亡的主要原因之一，有学者甚至指出，就算没有与拉达克人之间的这场战争，按照当时的环境破坏情况来看古格也不可能维持多久。的确，综观札达县的地理环境，现在的象泉河已不是当年的象泉河，古格遗址周围的沙漠化程度十分严重，当年能养活十万之众的绿洲，今天已所剩无几了。这种地貌形态的变化，或许正是古格消失的真正原因。
但是问题还是那十万人究竟到哪里去了，他们不可能守在这片寸草不生的土地上等死，为了继续生存下去，他们很可能迁徙到别的地方去了。如果是迁徙了的话，那就一定会有古格人的后裔。另外对于古格的灭亡，历史上还有很多猜测，诸如天灾、瘟疫等，但这些都不足以使得繁荣富强的文明突然间完全彻底地消失，而且没有留下任何有说服力的证据。
现在的古格王朝遗址上只剩下一座高原上的空城，这里虽然还有十几户人家，但他们却都不是真正的古格人，对于古格的离奇消失，我们只能等待进一步的科学发现来揭示这个谜。古老的古格，像是一座巨大的迷宫，将西藏西部众多的秘密深锁其中。