《永乐大典》在书籍中可以称的上是庞然巨帙，每本《永乐大典》相当于现在普通书籍的两倍大小。要拿走一两本《永乐大典》而不被人发现，已经不是一件易事。如果要转移大量《永乐大典》，似乎更加困难。
那么，这些“偷书官”又是用什么方法将《永乐大典》偷出去的呢?
据清人缪荃孙记载：翰林院的一些官员偷书伎俩极为巧妙。他们一般选择在冬天进行偷窃。
永乐大典副本
官员早上进翰林院时随带棉袍一件，不穿在身上，打成包袱形状如两本《永乐大典》大小。当夜晚降临的时候，一些官员也开始实施他们偷书的计划。他们的办法是将两本《大典》包入包袱里，却把原本包在包袱里的棉袍穿在身上。看守人员见到早上曾带包袱而来，晚上带包袱而去，也就不起疑心了。
据记载，光绪年间一位翰林侍读文廷式，一人就盗走100多本《永乐大典》。文廷式死后，这些书又被其后人出售，卖给洋人或者古董商。就这样，《永乐大典》就被大量流失出去。而且几经展转，无从寻觅这些被盗出的《永乐大典》的下落了。
目前，《永乐大典》散落在日本、英国、美国等几个国家。是什么原因将这些《永乐大典》远离祖国，流散到异域远邦呢?
永乐大典的灾难源于国人说熟知的那段民族屈辱史。光绪二十六年(1900)，八国联军入侵北京，在文明古都烧杀掠抢。
翰林院座落在东交民巷，靠近使馆区，已经被沦为战场。那些价值连城、有些甚至从未在皇宫之外面世的古版书籍正在被大火一点一点的吞没，一些没有被焚烧的古籍被随意的抛在院子里，池塘中。侵略者对《永乐大典》肆意抢掠，甚至代替砖块，构筑工事。在这场灾难过后，《永乐大典》几乎丧失殆尽，仅存的数百册也散落世界各地。
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在中国国家图书馆，翻开这历经几百年沧桑的《永乐大典》，专家们发现，这里收藏的所有《永乐大典》有一些共同的特征：从纸张看，这些《永乐大典》用的是嘉靖时期的皮纸，也叫白棉纸。而且，书后都注明了重录总校官、分校官、写书官及圈点人姓名。所以，可以推断的是，这些《永乐大典》全都是明朝嘉靖时期的抄本。这就是说，国家图书馆收藏的所有《永乐大典》都不是永乐年间编篆的。那么《永乐大典》除了永乐年间的这个版本之外，到底还有几个版本呢?
在中国国家图书馆的地库里，收藏有161册举世闻名的《永乐大典》。从明成祖朱棣编写《永乐大典》至今，已经有600余年。在漫长的岁月中，《永乐大典》经历各种不幸遭遇，丢失了一万多册。目前全书仅有不足百分之四，400册左右的《永乐大典》流散在世界各地。然而，专家们发现，目前全世界所能见到的《永乐大典》都有一些共同特征：每本书的书后都注明了当时的重录官员，而这些官员全都是明朝嘉靖皇帝时期的官员。
这就是说，目前世界上所有能见到的所有《永乐大典》都不是永乐年间编篆的。那么， 《永乐大典》除了永乐年间的这个版本之外，到底还有几个版本呢?据史书记载，《永乐大典》修成之后,明朝各代帝王中查阅过《永乐大典》的却寥寥可数。
永乐大典副本
据史书记载，重录的《永乐大典》的在内容、格式、装帧方面与原本如出一辙，令人叹为观止。此后，《永乐大典》便有了两个版本。现在人们习惯于把永乐年间的第一个版本称为正本，把嘉靖年间的重录本称为副本。这就是说，国图收藏的所有《永乐大典》全都是明朝嘉靖时期的副本。
不仅如此，历史上被八国联军毁掠的是明嘉靖后期重抄的副本，流失海外和国内陆续搜集的残本也均为嘉靖重录副本或其抄本。而《永乐大典》的正本至今一卷也没有发现，并且其下落也一直不见准确的记载。这就是说，《永乐大典》正本失踪了!
11095册《永乐大典》正本已经彻底消失了几个世纪!《永乐大典》正本究竟何去何从?它还存在于这个世界上吗?如果存在，它到底在哪?如果已经不存在于世界上，它又是什么时候，被谁，用什么方式毁灭的?对于正本的下落，为什么历代史书中不见任何准确记载?
围绕着《永乐大典》正本的是一个又一个讳莫如深的谜团，甚至有学者将之称为“中国书籍史上的最大疑案”。