与皇太极相比，崇祯帝的表现要差多了。各路兵马的败报频繁传来，令崇祯帝又急又恨，而更多的是无奈。他一度竟躺倒不干了。他不理朝政，不见群臣，急得大臣们直跺脚，顺天府尹刘宗周上疏劝说道：“国势强弱，视人心安危。乞陛下出御皇极门，延见百僚，明言宗庙山陵在此，固守外无他计。”刘宗周说得很对。在这种时候，你做皇帝的一举一动，对人心士气影响很大，只能鼓气，绝不能泄气。这位刘宗周，也是犟脾气，他从清晨把奏疏呈上去后，就跪在宫门外，等候崇祯帝的答复，一直跪到太阳落山，崇祯答应召见群臣后才站起来。
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战局的每况愈下，又令朝中的党争激烈起来。
袁崇焕被逮捕后，便有人跳出来挖他的后台。有两位御史，一姓高，一姓史，率先跳了出来，攻击阁臣钱龙锡。这两位御史，本是阉党，在被起用时，钱龙锡曾竭力反对。因此他们便用袁崇焕之事来攻击钱龙锡，说袁崇焕斩杀毛文龙，与后金议和诸事，都是钱龙锡幕后指使，要求皇帝治其罪。双方吵得不可开交。最后钱龙锡称病辞职。
由于钱龙锡辞职，崇祯帝便命礼部右侍郎周延儒任礼部尚书兼东阁大学士，入直文渊阁。不久再命何如宠、钱象坤并为礼部尚书兼东阁大学士，入直文渊阁，两人开始不干，崇祯帝严令立即入阁办事。周延儒从此得势。
到崇祯三年(1630)正月，有一位靠捐资升官的中书舍人加尚宝司卿的原抱奇，跳出来攻击首辅韩，说韩属无能之辈，又是袁崇焕的座主，请求皇帝罢免他。韩的门生、左庶子丁进和、工部主事李逢申也反戈一击，攻击韩。韩感到心寒，再三要求辞职，崇祯帝最终同意。
韩素以稳重老成、办事干练著称。由他任首辅，文官系统尚能维持。而崇祯帝放他一走，朝政便急剧恶化，正人君子一个个不安其位了。
二月，都察院左都御史曹于汴，被迫辞职。
三月，首辅李标即任不到两个月，也辞职归里。
与此同时，周延儒逐步把持朝政。此年六月，温体仁与吴宗达一起被任命为礼部尚书兼东阁大学士，参预机务。温体仁因诬陷钱谦益，引起不少人的厌恶，朝臣纷纷上书揭发他的丑事。然而，攻击越多，崇祯帝反而觉得温体仁没有结党营私，值得信任，再加上周延儒帮他敲边鼓，最终得于入阁。温体仁一入阁，事情就更糟糕了。袁崇焕当然也就在劫难逃了。当后金外患渐渐平息时，陕西的内乱已十分猖獗了。焦头烂额的崇祯帝穷于应付，登基时的那个中兴梦想已完全破灭。这个责任到底要由谁来负?他自己当然不会去承担这个责任。他从来不认为自己有什么失误之处，局面之所以弄到这种地步，还不全是那些大臣的错。他又想到了袁崇焕!一个现成的替罪羊。
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攻击袁崇焕、钱龙锡的官员，仍不乏其人。那位首先对钱龙锡发难的史御史，此时又有了新的发现。他上疏说袁崇焕与钱龙锡之间还有更可怕的阴谋。除重弹钱龙锡是袁崇焕的幕后主使这一老调外，他还列举出新的罪证，说钱龙锡辞职离京前，曾把袁崇焕赠送给他的数万贿赂，转寄姻家，巧为斡旋等等。据说温体仁、王永光等人，甚至还想借袁崇焕之事，做一个逆案，把钱龙锡等异己一网打尽。只不过因兵部尚书梁廷栋胆小，不敢出头而罢。
这些新的罪证，对崇祯帝无异于火上加油。他下令以最严酷的方式来处死袁崇焕。此年八月十六日，崇祯帝来到暖阁，召见阁臣成基命等人。然后再到平台，召见文武大臣。崇祯帝对大臣们说：
“袁崇焕付托不效，专事欺隐。市粟谋款，纵敌不战，遣散援兵，潜携喇嘛僧入城，卿等已知之。今法案罪案云何?”
这种事情，哪个肯乱说话，文武大臣只是顿首唯命。其实，崇祯帝也用不着大臣们发言，他早已成竹在胸。于是他接着说：
“依律磔之。家属岁十六以上斩，十五岁以下给功臣家为奴。今特流其妻、子、兄、弟，余不问。”
崇祯帝似乎觉得自己很宽容，只磔袁崇焕一人，充军其妻子兄弟，而没有像《大明律》规定的那样，满门抄斩。群臣们一听，连忙叩头感谢皇帝的宽大仁慈。崇祯帝又问诸臣：
“更何言?”
大臣们一听，连忙说：
“其罪不宥。”
意思是说皇帝实在是宽容得不能再
宽容了，袁崇焕罪大恶极，绝无饶恕之余地。于是，崇祯帝下达了正式的圣谕，公布袁崇焕之滔天罪行：
“袁崇焕谋叛欺君，结奸蠹国。斩帅以践虏约，市米以资盗粮。既用束酋，阳导入犯，复散援师，明拟长驱，及戎马在效，顿兵观望，暗藏夷使，坚请入城，意欲何为?致庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿。”
于是，刑部侍郎涂国鼎被任命为监决官，在西市设刑场磔袁崇焕。
这磔刑是最惨酷的死刑，俗称“杀千刀”、“活剐”。就是用锋利的刀刃一刀一刀把活人身上的皮肉削下来，多达数千刀，受刑之人要承受长时间的煎熬，才慢慢死去。
袁崇焕就这样被一刀一刀地活剐。当时的京师城内，对袁崇焕已是恨之入骨。试想，当百姓在得知身为辽东最高统帅的袁崇焕，竟是通敌的叛徒后，是何等的心情!因此，在袁崇焕行刑时，城中百姓蜂拥而至，都要亲眼看看这令人解恨的场面。于是，一块块手指大小的血淋淋的皮肉，从袁崇焕身上刚被刽子手削下，转眼就以一文钱一块的价钱，卖到了百姓手中。买到肉的百姓，看着袁崇焕血淋淋的身躯，听着袁崇焕痛苦万分的呻吟、嘶叫，在用最恶毒的言辞诅咒完袁崇焕以后，再吞下那块血淋淋的皮肉。这场面真是大快人心!
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百姓的眼睛是雪亮的吗?未必!试想当初袁崇焕赴任辽东时，京师的百姓是何等感激!感激袁崇焕受命于危难之中，保家卫国。然而在短短的两年之后，他们又以能生吞袁崇焕一块皮肉为快事。两年之隔，竟是天壤之别!
至此，辽东前线最能干的两位统帅，即熊廷弼和袁崇焕，一个被枭首，另一个则被活剐，皮被剥，肉被啖，血被饮。两人的家族，也跟着受罪。熊廷弼为官清廉，却背上个纳贿贪污的恶名，让本不富裕的家族在他死后还要为他退赔那莫须有的赃款，吃足了苦头。袁崇焕的家族更是不幸。在袁崇焕被磔之后，其妻、子、兄、弟都跟着倒霉，被流放3000里之外，却还要感谢崇祯帝的格外开恩。细想起来，在明末这个奇怪的时代，凡是有所作为的，几乎都没有什么好下场。
袁崇焕死后，崇祯帝也没有放过钱龙锡。当时廷臣根据那位史御史提供的罪证，定钱龙锡“大辟，决不待时”，意思就是斩立决，并设厂于西市以待。不过崇祯帝思前想后，总觉得钱龙锡没有逆谋的迹象，所以，最终还是手下留情，没有立斩。正巧有一位名叫黄道周的官员，觉得钱龙锡实在冤枉，便上疏申救。当时没有人敢为袁崇焕喊冤，因为谁帮他说话，谁就有同谋之嫌。而钱龙锡的问题却是可大可小的。所以黄道周上疏之后，尽管崇祯帝以忤旨之罪把黄道周降级外调，但心里还是很受感动，觉得在这种时候黄道周仍敢站出来为钱讲话，不容易!或许正是黄道周一疏，打动了崇祯帝。崇祯帝不久便改变了主意，免钱龙锡死罪，戍定海卫。
钱龙锡能从崇祯帝手中捡回一条命，实在难得!
崇祯帝登基以后的几年中，辽东的局势不仅没有好转，反而越弄越糟。这原本是一场局部边疆战争，至此战火竟烧到了京师城下。朝廷原先对付的，只不过是一个藩属，而正是这个原先低声下气、称臣纳贡的藩属，竟强大到把一向居高临下的天朝打得落花流水。
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天朝的颜面何在!小小的后金何以能不把堂堂天朝放在眼里?
这是当时不少人共同思考的问题。崇祯帝自然也思考过这一问题。他把罪责都推到了袁崇焕身上，说是袁崇焕误国，把事情搞糟了，于是，袁崇焕寸磔而死便是不可避免了。
不过，袁崇焕被处死之后，辽东的局势不仅没有好转，反而一步步恶化下去。