水晶头骨传说是玛雅人留给后人的珍贵礼物，里边潜藏着诸多的秘密。据研究的科学家们发现，当有光束照在这些头骨上时，隐藏在基底的棱镜和眼窝里用手工琢磨的透镜片组合在一起，能产生一系列光学变化，它们所发出的炫目光束，有一种催眠般的魔力，会让人出现幻觉、幻听等现象。
曾经研究水晶头骨长达6年之久的水晶专家富兰克.多兰德先生说，他在与水晶头骨共处时，能听到一种”非常安静又引人注意，像是从高音大钟发出”的声音，还能从水晶头骨上看到”山峦、庙宇”等图像。更有人在抚摸过水晶头骨后，发现自己身上的疾病居然奇迹般地治愈了，种种神奇的现象实在让人无法理解。近代光学产生于17世纪，古代玛雅人不可能会运用。所有集中在水晶头骨上的谜团都让人匪夷所思，于是一些崇尚神秘主义的人们干脆把它归之为是天外来客的杰作。而当他们即将离开之前，又把水晶头骨作为礼物送给了玛雅人，之后，玛雅人就把它一直保存在金字塔里直到被安娜所发现。
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有一部分科学家倾向于它不是玛雅人的遗物，而是19世纪现代人的产物。但是，这种百分之百纯净透明的水晶，就算它不是一件文物，其价值也无法估量。谁会用它来制作一件冒充文物呢?如今，安娜已经拒绝对水晶头骨再做任何科学鉴定，因此，它究竟是不是现代人制作的赝品，科学家们还不能论断。
这些水晶头骨是现代人给我们开的一个玩笑吗?我们不得而知，至于是否集齐所有头骨会产生奇异现象，我们也不得而知，因为目前还没有全部找到呢。