慈宁宫经历了明清两朝四百余年，最初了明朝皇贵妃的所居。1563年，即明嘉靖十五年，在仁寿宫原址上兴建慈宁宫。清朝顺治帝入关后，沿用了明制，1653年慈宁宫修葺后，迎来了它的第一位主人：孝庄文皇后。此后作为太后所居正宫和太妃的随居住所。
孝庄太后，博尔济吉特氏，名布木布泰，皇太极之妃，孝端文皇后侄女，顺治帝生母，康熙帝祖母。一生培育、辅佐顺治、康熙两代君主。福临帝即位后，孝庄成为清代第一位太后。顺治帝驾崩后，她辅佐康熙帝，成为太皇太后，成为中国历史上有名的皇太后和太皇太后，是清初杰出的女政治家。
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至于慈禧太后因何未住慈宁宫。原因有二。一是在两宫太后时，慈宁宫是东太后慈安住所，慈禧是西太后只能居长春宫……慈安死了，慈禧独揽朝政，按规制可住慈宁宫。但据野史说，因慈安是慈禧害死的，故慈禧不住慈宁宫，以示对尊重。
无论真假，自孝庄以后，的确慈宁宫再也没有过一位长居的太后和太妃，而慈宁宫后来成了大宴，受册、受宝等重要典礼的处所了。